m6aViewer: software for the detection, analysis, and visualization of N(6)-methyladenosine peaks from m(6)A-seq/ME-RIP sequencing data.
m6aViewer: software for the detection, analysis, and visualization of N(6)-methyladenosine peaks from m(6)A-seq/ME-RIP sequencing data.
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DOI：
10.1261/rna.058206.116
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发表时间：
2017-10
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Carr IM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Antanaviciute A;Baquero-Perez B;Watson CM;Harrison SM;Lascelles C;Crinnion L;Markham AF;Bonthron DT;Whitehouse A;Carr IM
最近转录组范围内的n6 -甲基腺苷（m6A）谱分析方法促进了对RNA甲基组的研究，并确定m6A是一种动态修饰，在基因表达中具有关键的调节作用，可能在人类疾病中发挥作用。然而，可用于分析m6A测序数据的生物信息学资源仍然有限。在这里，我们描述了m6aviewer——一个用于分析和可视化测序数据中m6A峰的跨平台应用程序。m6aViewer实现了一种新的m6A峰值调用算法，该算法比以前描述的方法更精确地识别高置信度的甲基化残基。该应用程序可以通过图形用户界面进行数据分析，因此，与其他当前可用的工具相比，不需要用户精通计算机编程。m6aViewer和测试数据可以在这里下载：http://dna2.leeds.ac.uk/m6a。
Recent methods for transcriptome-wide N6-methyladenosine (m6A) profiling have facilitated investigations into the RNA methylome and established m6A as a dynamic modification that has critical regulatory roles in gene expression and may play a role in human disease. However, bioinformatics resources available for the analysis of m6A sequencing data are still limited. Here, we describe m6aViewer—a cross-platform application for analysis and visualization of m6A peaks from sequencing data. m6aViewer implements a novel m6A peak-calling algorithm that identifies high-confidence methylated residues with more precision than previously described approaches. The application enables data analysis through a graphical user interface, and thus, in contrast to other currently available tools, does not require the user to be skilled in computer programming. m6aViewer and test data can be downloaded here: http://dna2.leeds.ac.uk/m6a.
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