LTQ-iQuant: A freely available software pipeline for automated and accurate protein quantification of isobaric tagged peptide data from LTQ instruments.
LTQ-iQuant: A freely available software pipeline for automated and accurate protein quantification of isobaric tagged peptide data from LTQ instruments.
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DOI：
10.1002/pmic.201000189
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发表时间：
2010-10
期刊：
影响因子：
3.4
通讯作者：
Griffin, Timothy J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Onsongo, Getiria;Stone, Matthew D.;Van Riper, Susan K.;Chilton, John;Wu, Baolin;Higgins, LeeAnn;Lund, Troy C.;Carlis, John V.;Griffin, Timothy J.
脉冲Q解离使LTQ离子陷阱仪器与等压肽标记相结合。不幸的是，这种组合缺乏一种准确报告蛋白质丰度比的技术，而且是在一个免费可用的灵活软件管道中实现的。我们开发并实现了一种技术，为每个多肽丰度比分配基于集体报告离子强度的权重，并计算蛋白质的加权平均丰度比和P值。使用iTRAQ标记的标准混合物，我们将我们的技术的性能与商业软件Mascot进行了比较，发现它的性能优于Mascot的非加权平均和中位肽比率技术，而与其加权平均技术相同。我们还通过分析iTRAQ标记的干细胞裂解产物，将LTQ-Orbitrap和我们的技术与4800 MALDI TOF/TOF Plus蛋白质试点的性能进行了比较。我们发现了高度相关的蛋白质丰度比，这表明LTQ-Orbitrap加上我们的技术产生的结果与当前的标准相当。我们在免费提供的自动化软件流水线LTQ-iQuant中实现了我们的技术，该软件流水线与mzXML兼容；支持iTRAQ 4-plex和8-plex LTQ数据；可以根据用户的LTQ和其他等压肽标记方法进行修改和训练权重。LTQ-iQuant将使LTQ仪器和等压肽标记为更多蛋白质组学研究人员所用。
Pulsed Q dissociation enables combining LTQ ion trap instruments with isobaric peptide tagging. Unfortunately, this combination lacks a technique which accurately reports protein abundance ratios and is implemented in a freely-available, flexible software pipeline. We developed and implemented a technique assigning collective reporter ion intensity-based weights to each peptide abundance ratio and calculating a protein’s weighted average abundance ratio and P value. Using an iTRAQ-labeled standard mixture, we compared our technique’s performance to the commercial software Mascot, finding that it performed better than Mascot’s non-weighted averaging and median peptide ratio techniques, and equal to its weighted averaging technique. We also compared performance of the LTQ-Orbitrap plus our technique to 4800 MALDI TOF/TOF plus Protein Pilot, by analyzing an iTRAQ-labeled stem cell lysate. We found highly correlated protein abundance ratios, indicating that the LTQ-Orbitrap plus our technique yields results comparable to the current standard. We implemented our technique in a freely available, automated software pipeline, called LTQ-iQuant, which: is mzXML-compatible; supports iTRAQ 4-plex and 8-plex LTQ data; and can be modified for and have weights trained to a user’s LTQ and other isobaric peptide tagging methods. LTQ-iQuant should make LTQ instruments and isobaric peptide tagging accessible to more proteomics researchers.
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影响因子：
3.4
作者：
Deutsch, Eric W.;Mendoza, Luis;Shteynberg, David;Farrah, Terry;Lam, Henry;Tasman, Natalie;Sun, Zhi;Nilsson, Erik;Pratt, Brian;Prazen, Bryan;Eng, Jimmy K.;Martin, Daniel B.;Nesvizhskii, Alexey I.;Aebersold, Ruedi
通讯作者：
Aebersold, Ruedi
DOI：
10.1016/j.jasms.2009.03.019
发表时间：
2009-08-01
影响因子：
3.2
作者：
Zhang, Yi;Ficarro, Scott B.;Marto, Jarrod A.
通讯作者：
Marto, Jarrod A.
影响因子：
7
作者：
Ross, PL;Huang, YLN;Pappin, DJ
通讯作者：
Pappin, DJ
影响因子：
7.4
作者：
Thompson, A;Schäfer, J;Hamon, C
通讯作者：
Hamon, C
影响因子：
3.4
作者：
Kuzyk, Michael A.;Ohlund, Leanne B.;Borchers, Christoph H.
通讯作者：
Borchers, Christoph H.