Spatially resolved clonal copy number alterations in benign and malignant tissue.
Spatially resolved clonal copy number alterations in benign and malignant tissue.
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DOI：
10.1038/s41586-022-05023-2
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发表时间：
2022-08
期刊：
影响因子：
64.8
通讯作者：
Lundeberg, Joakim
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Erickson, Andrew;He, Mengxiao;Berglund, Emelie;Marklund, Maja;Mirzazadeh, Reza;Schultz, Niklas;Kvastad, Linda;Andersson, Alma;Bergenstrahle, Ludvig;Bergenstrahle, Joseph;Larsson, Ludvig;Galicia, Leire Alonso;Shamikh, Alia;Basmaci, Elisa;De Stahl, Teresita Diaz;Rajakumar, Timothy;Doultsinos, Dimitrios;Thrane, Kim;Ji, Andrew L.;Khavari, Paul A.;Tarish, Firaz;Tanoglidi, Anna;Maaskola, Jonas;Colling, Richard;Mirtti, Tuomas;Hamdy, Freddie C.;Woodcock, Dan J.;Helleday, Thomas;Mills, Ian G.;Lamb, Alastair D.;Lundeberg, Joakim
定义从良性到恶性组织的转变是改善癌症早期诊断的基础。在这里，我们使用系统的方法来研究空间基因组的完整性在原位和描述以前未确定的克隆关系。我们使用空间分辨转录组学来推断良性和恶性组织中多个器官中> 120，000个区域的空间拷贝数变异。我们证明，全基因组拷贝数变异揭示了不同的克隆模式内肿瘤和附近的良性组织使用器官范围的方法集中在前列腺。我们的研究结果提出了一个模型，基因组不稳定性如何出现在组织学良性组织，可能代表癌症演变的早期事件。我们强调了在组织环境中捕获分子和空间连续体的能力，并挑战了治疗范式（包括局部治疗）的基本原理。从良性和恶性组织的空间转录组学数据推断的拷贝数变异揭示了全器官水平的克隆结构。
Defining the transition from benign to malignant tissue is fundamental to improving early diagnosis of cancer. Here we use a systematic approach to study spatial genome integrity in situ and describe previously unidentified clonal relationships. We used spatially resolved transcriptomics to infer spatial copy number variations in >120,000 regions across multiple organs, in benign and malignant tissues. We demonstrate that genome-wide copy number variation reveals distinct clonal patterns within tumours and in nearby benign tissue using an organ-wide approach focused on the prostate. Our results suggest a model for how genomic instability arises in histologically benign tissue that may represent early events in cancer evolution. We highlight the power of capturing the molecular and spatial continuums in a tissue context and challenge the rationale for treatment paradigms, including focal therapy. Copy number variations inferred from spatial transcriptomics data in benign and malignant tissue reveal clonal architecture at the organ-wide level.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
DOI：
10.1093/bioinformatics/btr670
发表时间：
2012-02-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Boeva V;Popova T;Bleakley K;Chiche P;Cappo J;Schleiermacher G;Janoueix-Lerosey I;Delattre O;Barillot E
通讯作者：
Barillot E
DOI：
10.1126/science.aau3879
发表时间：
2018-11-23
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Martincorena I;Fowler JC;Wabik A;Lawson ARJ;Abascal F;Hall MWJ;Cagan A;Murai K;Mahbubani K;Stratton MR;Fitzgerald RC;Handford PA;Campbell PJ;Saeb-Parsy K;Jones PH
通讯作者：
Jones PH
影响因子：
48
作者：
Garvin T;Aboukhalil R;Kendall J;Baslan T;Atwal GS;Hicks J;Wigler M;Schatz MC
通讯作者：
Schatz MC
影响因子：
--
作者：
Garcia, Maxime;Juhos, Szilveszter;Nystedt, Bjorn
通讯作者：
Nystedt, Bjorn