A mass spectrometric-derived cell surface protein atlas.
A mass spectrometric-derived cell surface protein atlas.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0121314
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Wollscheid B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bausch-Fluck D;Hofmann A;Bock T;Frei AP;Cerciello F;Jacobs A;Moest H;Omasits U;Gundry RL;Yoon C;Schiess R;Schmidt A;Mirkowska P;Härtlová A;Van Eyk JE;Bourquin JP;Aebersold R;Boheler KR;Zandstra P;Wollscheid B
细胞表面蛋白是生物医学研究的主要靶标，因为它们是细胞标记的效用及其在药理干预的细胞外可及性。但是，有关单个细胞的细胞表面蛋白库（表面组）的信息仅稀少。在这里，我们将细胞表面捕获（CSC）技术应用于41人和31小鼠细胞类型，以生成质谱衍生的细胞表面蛋白图集（CSPA），从而在高分辨率下提供了细胞表面的快照。 CSPA以易于启动的交互式数据库，可下载的数据矩阵以及针对目标的Surfaceome Rediscovery（http://wlab.ethz.ch/cspa）的形式呈现。包括癌细胞在内的不同细胞类型的细胞表面体快照，导致了1492人和1296小鼠细胞表面糖蛋白的组合数据集，为其在不同细胞类型上的细胞表面表达提供了实验证据，包括136 G蛋白偶联受体和755个细胞表达膜受体酪氨酸 - 蛋白激酶。对CSPA的综合分析表明，单个细胞类型的协同生物学功能主要以定量而非定性的表面差异为指导。 CSPA将用于评估药物靶标，改善细胞类型的分类以及在复杂信号微环境中更好地了解Surfaceome及其协同的生物学功能。
Cell surface proteins are major targets of biomedical research due to their utility as cellular markers and their extracellular accessibility for pharmacological intervention. However, information about the cell surface protein repertoire (the surfaceome) of individual cells is only sparsely available. Here, we applied the Cell Surface Capture (CSC) technology to 41 human and 31 mouse cell types to generate a mass-spectrometry derived Cell Surface Protein Atlas (CSPA) providing cellular surfaceome snapshots at high resolution. The CSPA is presented in form of an easy-to-navigate interactive database, a downloadable data matrix and with tools for targeted surfaceome rediscovery (http://wlab.ethz.ch/cspa). The cellular surfaceome snapshots of different cell types, including cancer cells, resulted in a combined dataset of 1492 human and 1296 mouse cell surface glycoproteins, providing experimental evidence for their cell surface expression on different cell types, including 136 G-protein coupled receptors and 75 membrane receptor tyrosine-protein kinases. Integrated analysis of the CSPA reveals that the concerted biological function of individual cell types is mainly guided by quantitative rather than qualitative surfaceome differences. The CSPA will be useful for the evaluation of drug targets, for the improved classification of cell types and for a better understanding of the surfaceome and its concerted biological functions in complex signaling microenvironments.
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影响因子：
3.4
作者：
Deutsch, Eric W.;Mendoza, Luis;Shteynberg, David;Farrah, Terry;Lam, Henry;Tasman, Natalie;Sun, Zhi;Nilsson, Erik;Pratt, Brian;Prazen, Bryan;Eng, Jimmy K.;Martin, Daniel B.;Nesvizhskii, Alexey I.;Aebersold, Ruedi
通讯作者：
Aebersold, Ruedi
DOI：
10.1084/jem.20130678
发表时间：
2013-12-16
期刊：
The Journal of experimental medicine
影响因子：
--
作者：
Vom Berg J;Vrohlings M;Haller S;Haimovici A;Kulig P;Sledzinska A;Weller M;Becher B
通讯作者：
Becher B
影响因子：
4.4
作者：
Clough, Timothy;Key, Melissa;Vitek, Olga
通讯作者：
Vitek, Olga
影响因子：
4.4
作者：
Bock, Thomas;Moest, Hansjoerg;Wollscheid, Bernd
通讯作者：
Wollscheid, Bernd
影响因子：
4.4
作者：
Dormeyer, Wilma;van Hoof, Dennis;Krijgsveld, Jeroen
通讯作者：
Krijgsveld, Jeroen