Leveraging machine learning essentiality predictions and chemogenomic interactions to identify antifungal targets.
Leveraging machine learning essentiality predictions and chemogenomic interactions to identify antifungal targets.
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DOI：
10.1038/s41467-021-26850-3
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发表时间：
2021-11-11
影响因子：
16.6
通讯作者：
Cowen LE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fu C;Zhang X;Veri AO;Iyer KR;Lash E;Xue A;Yan H;Revie NM;Wong C;Lin ZY;Polvi EJ;Liston SD;VanderSluis B;Hou J;Yashiroda Y;Gingras AC;Boone C;O'Meara TR;O'Meara MJ;Noble S;Robbins N;Myers CL;Cowen LE
真菌病原体对人类健康构成全球性威胁，其中白色念珠菌是主要杀手之一。对必需基因的系统分析为发现潜在的抗真菌靶点提供了有力的策略。在这里，我们建立了一个机器学习模型来生成C的全基因组基因重要性预测。白念珠菌，并扩大了最大的功能基因组学资源，在这种病原体（GRACE收集）的866个基因。使用该模型和化学基因组学分析，我们定义了三个未表征的必需基因的功能，这些基因在动粒功能、线粒体完整性和翻译中起作用，并确定了N-嘧啶基-β-噻吩基丙烯酰胺（NP-BTA）的靶点是N-嘧啶基-β-噻吩基丙烯酰胺合成酶Gln 4。对病原体必需基因的分析可用于发现潜在的抗菌靶标。在这里，作者使用机器学习模型和化学基因组学分析来生成真菌病原体白色念珠菌的全基因组基因必要性预测，定义三个未表征的必需基因的功能，并确定一种新的抗真菌化合物的靶标。
Fungal pathogens pose a global threat to human health, with Candida albicans among the leading killers. Systematic analysis of essential genes provides a powerful strategy to discover potential antifungal targets. Here, we build a machine learning model to generate genome-wide gene essentiality predictions for C. albicans and expand the largest functional genomics resource in this pathogen (the GRACE collection) by 866 genes. Using this model and chemogenomic analyses, we define the function of three uncharacterized essential genes with roles in kinetochore function, mitochondrial integrity, and translation, and identify the glutaminyl-tRNA synthetase Gln4 as the target of N-pyrimidinyl-β-thiophenylacrylamide (NP-BTA), an antifungal compound. The analysis of essential genes in pathogens can be used to discover potential antimicrobial targets. Here, the authors use a machine learning model and chemogenomic analyses to generate genome-wide gene essentiality predictions for the fungal pathogen Candida albicans, define the function of three uncharacterized essential genes, and identify the target of a new antifungal compound.
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影响因子：
3.4
作者：
Deutsch, Eric W.;Mendoza, Luis;Shteynberg, David;Farrah, Terry;Lam, Henry;Tasman, Natalie;Sun, Zhi;Nilsson, Erik;Pratt, Brian;Prazen, Bryan;Eng, Jimmy K.;Martin, Daniel B.;Nesvizhskii, Alexey I.;Aebersold, Ruedi
通讯作者：
Aebersold, Ruedi
影响因子：
64.8
作者：
Cao, Junyue;Spielmann, Malte;Shendure, Jay
通讯作者：
Shendure, Jay
DOI：
10.3390/jof4010039
发表时间：
2018-03-20
期刊：
Journal of fungi (Basel, Switzerland)
影响因子：
--
作者：
Basenko EY;Pulman JA;Shanmugasundram A;Harb OS;Crouch K;Starns D;Warrenfeltz S;Aurrecoechea C;Stoeckert CJ Jr;Kissinger JC;Roos DS;Hertz-Fowler C
通讯作者：
Hertz-Fowler C
影响因子：
--
作者：
Cairns, Timothy C.;Feurstein, Claudia;Meyer, Vera
通讯作者：
Meyer, Vera
影响因子：
4.4
作者：
Datt M;Sharma A
通讯作者：
Sharma A