Identification of suitable reference genes for quantitative reverse transcription PCR in Luffa (Luffa cylindrica)
Identification of suitable reference genes for quantitative reverse transcription PCR in Luffa (Luffa cylindrica)
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丝瓜定量逆转录 PCR 合适内参基因的鉴定
DOI：
10.1007/s12298-022-01182-8
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发表时间：
2022-04
影响因子：
3.5
通讯作者：
Wu Haibin
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gangjun Zhao;Meng Wang;Yaqin Gan;Hao Gong;Junxing Li;Xiaoming Zheng;Xiaoxi Liu;Siying Zhao;Jianning Luo;Wu Haibin
逆转录实时定量PCR被广泛用于基因表达定量。通常使用参考基因作为内参来测量目的基因的表达水平。到目前为止，在丝瓜不同组织中使用经过系统验证的参考基因尚未达成共识。本研究使用五种算法（BestKeeper、比较ΔCt法、GeNorm、NormFinder和RefFinder）评估了11个候选参考基因在不同组织中的表达稳定性。蛋白磷酸酶2A是最稳定的基因，而α-微管蛋白是最不稳定的。还分析了乙烯相关基因在不同组织中的相对表达，以揭示它们在性别决定中的作用。本研究为使用合适的参考基因评估目的基因表达提供了依据。在线版本包含补充材料，可在10.1007/s12298 - 022 - 01182 - 8获取。
Reverse transcription real-time quantitative PCR is widely used to quantify gene expression. Reference genes are usually used as internal controls to measure the target gene expression level. To date, there is no consensus on the use of systematically validated reference genes in different tissues of Luffa. This study evaluated the expression stability of 11 candidate reference genes in different tissues using five algorithms (BestKeeper, comparative delta-Ct method, GeNorm, NormFinder, and RefFinder). Protein phosphatase 2A was the most stable gene, while alpha Tubulin was the least stable. The relative expression of ethylene-related genes in different tissues was also analyzed to reveal their role in sex determination. This study provides the basis for using suitable reference genes to evaluate targeted gene expression.The online version contains supplementary material available at 10.1007/s12298-022-01182-8.
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