R-loop resolution promotes co-transcriptional chromatin silencing.
R-loop resolution promotes co-transcriptional chromatin silencing.
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DOI：
10.1038/s41467-021-22083-6
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发表时间：
2021-03-19
影响因子：
16.6
通讯作者：
Dean C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xu C;Wu Z;Duan HC;Fang X;Jia G;Dean C
RNA 介导的染色质沉默是许多生物体基因组调控的核心。然而，人们对新生非编码转录本如何调节染色质知之甚少。在这里，通过对拟南芥 FLC 的分析，我们发现新生转录物诱导的 R 环的解析可促进染色质沉默。 FLC 3' 端反义诱导的 R 环的稳定化使得 RNA 结合蛋白 FCA 及其直接伙伴 FY/WDR33 和其他 3' 端加工因子能够对新生反义转录物进行聚腺苷酸化。这会清除 R 环并招募染色质修饰剂使 H3K4me1 去甲基化。 FCA 与 m6A writer 复合物的成分发生免疫沉淀，m6A 修饰会影响 FCA 核凝聚体的动力学，并促进 FLC 染色质沉默。该机制还针对拟南芥基因组中的其他基因座，并且与此一致的是 fca 和 fy 对 DNA 损伤诱导药物高度敏感。这些结果表明，通过共转录 RNA 加工调节 R 环稳定性如何触发染色质沉默。新生的非编码 RNA 可以介导染色质沉默，但人们对这一过程的机制了解甚少。在这里，作者表明，在植物反义转录本的 3' 端加工过程中，R 环的解析会招募染色质修饰剂来促进染色质沉默。
RNA-mediated chromatin silencing is central to genome regulation in many organisms. However, how nascent non-coding transcripts regulate chromatin is poorly understood. Here, through analysis of Arabidopsis FLC, we show that resolution of a nascent-transcript-induced R-loop promotes chromatin silencing. Stabilization of an antisense-induced R-loop at the 3′ end of FLC enables an RNA binding protein FCA, with its direct partner FY/WDR33 and other 3′-end processing factors, to polyadenylate the nascent antisense transcript. This clears the R-loop and recruits the chromatin modifiers demethylating H3K4me1. FCA immunoprecipitates with components of the m6A writer complex, and m6A modification affects dynamics of FCA nuclear condensates, and promotes FLC chromatin silencing. This mechanism also targets other loci in the Arabidopsis genome, and consistent with this fca and fy are hypersensitive to a DNA damage-inducing drug. These results show how modulation of R-loop stability by co-transcriptional RNA processing can trigger chromatin silencing. Nascent non-coding RNA can mediate chromatin silencing, however mechanistically this process is poorly understood. Here the authors show that resolution of an R-loop during 3'-end processing of a plant antisense transcript recruits chromatin modifiers to promote chromatin silencing.
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DOI：
10.1016/j.tig.2016.10.002
发表时间：
2016-12
期刊：
Trends in genetics : TIG
影响因子：
--
作者：
Chédin F
通讯作者：
Chédin F
影响因子：
64.5
作者：
Li, XL;Manley, JL
通讯作者：
Manley, JL
影响因子：
64.5
作者：
Macknight, R;Bancroft, I;Dean, C
通讯作者：
Dean, C
赖氨酸 36 处的组蛋白 H3 三甲基化引导 m(6)A RNA 共转录修饰
影响因子：
64.8
作者：
Huang, Huilin;Weng, Hengyou;Chen, Jianjun
通讯作者：
Chen, Jianjun
影响因子：
10.5
作者：
Herrera-Moyano E;Mergui X;García-Rubio ML;Barroso S;Aguilera A
通讯作者：
Aguilera A