Characterization of the complete plastid genome of fireweed, Epilobium angustifolium, Shaanxi, China.
Characterization of the complete plastid genome of fireweed, Epilobium angustifolium, Shaanxi, China.
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中国陕西火草 Epilobium angustifolium 完整质体基因组的表征
DOI：
10.1080/23802359.2019.1688697
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发表时间：
2019-11-13
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Li BG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li YL;Tang SY;Dai Y;Jiang YT;Li BG
本文以狭叶飞蓬为研究对象，利用Illumina测序平台对其叶绿体全基因组序列进行了分析。结果表明，它的全长161,199 ，是一个典型的四分体环状分子，含有一个89,076 的大单复制区，一个17,321 的小单复制区，以及两个27,401 的反向重复序列。我们在该基因组中鉴定出130个基因、85个蛋白质编码基因、37个tRNA和8个rRNA基因。叶绿体基因组、LSC区、SSC区和IR区的GC含量分别为38.1%、36.3%、33.1%和42.7%。系统发育分析表明，该植物与同属的Epiobium ulleungensis为姊妹种，两种植物聚在一起，具有较高的自举支持度。
In this article, we studied the complete chloroplast genome of Fireweed, Epilobium angustifolium, an essential herbaceous perennial species of the genus Epilobium (Onagraceae), we used Illumina sequencing platform to characterize its whole plastid genome sequence. The results showed that its whole plastid genome is a typical qudaripartite circular molecule with 161,199 bp in total length, which contains a large single-copy region of 89,076 bp, a small single-copy region of 17,321 bp, and two inverted repeat regions of 27,401 bp. We identified 130 genes, 85 protein-coding genes, 37 tRNA, and 8 rRNA genes within this genome. The GC content in the chloroplast genome, LSC region, SSC region, and IR region were 38.1, 36.3, 33.1, and 42.7%, respectively. Phylogenetic analysis indicated that this plant was placed as a sister to the congeneric Epilobium ulleungensis, the two species were clustered into a clade with high bootstrap support.
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