Lnc2Meth: a manually curated database of regulatory relationships between long non-coding RNAs and DNA methylation associated with human disease.
Lnc2Meth: a manually curated database of regulatory relationships between long non-coding RNAs and DNA methylation associated with human disease.
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Lnc2Meth：一个手动管理的数据库，记录与人类疾病相关的长非编码 RNA 和 DNA 甲基化之间的调控关系
DOI：
10.1093/nar/gkx985
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发表时间：
2018-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Li X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhi H;Li X;Wang P;Gao Y;Gao B;Zhou D;Zhang Y;Guo M;Yue M;Shen W;Ning S;Jin L;Li X
摘要Lnc 2 Meth（http：//www.bio-bigdata.com/Lnc2Meth/）是一个识别人类长链非编码RNA（lncRNA）与DNA甲基化之间调控关系的交互式资源，它不仅是一个人工收集和注释实验支持的lncRNA-DNA甲基化关联的平台，而且是一个有效集成工具的平台，用于计算和识别不同人类疾病中差异甲基化的lncRNA和蛋白质编码基因（PCG）。该资源提供：（i）高级搜索可能性，例如通过搜索感兴趣的lncRNA符号、DNA甲基化模式、调节机制和疾病类型来检索数据库;（ii）lncRNA和PCG的丰富计算计算的DNA甲基化阵列谱;（iii）根据患者临床数据计算的每个命中转录本的预后值;（V）工具，用于重新注释lncRNA基因座的探针并利用用户提供的外部数据集鉴定lncRNA和PCG的差异甲基化模式;（vi）R软件包（LncDM），用于使用本地计算机完成差异甲基化lncRNA的鉴定和可视化。lnc 2 Meth提供了一个及时和有价值的资源，可以应用于显着扩大我们的理解lncRNA和DNA甲基化在各种人类疾病之间的调控关系。
Abstract Lnc2Meth (http://www.bio-bigdata.com/Lnc2Meth/), an interactive resource to identify regulatory relationships between human long non-coding RNAs (lncRNAs) and DNA methylation, is not only a manually curated collection and annotation of experimentally supported lncRNAs-DNA methylation associations but also a platform that effectively integrates tools for calculating and identifying the differentially methylated lncRNAs and protein-coding genes (PCGs) in diverse human diseases. The resource provides: (i) advanced search possibilities, e.g. retrieval of the database by searching the lncRNA symbol of interest, DNA methylation patterns, regulatory mechanisms and disease types; (ii) abundant computationally calculated DNA methylation array profiles for the lncRNAs and PCGs; (iii) the prognostic values for each hit transcript calculated from the patients clinical data; (iv) a genome browser to display the DNA methylation landscape of the lncRNA transcripts for a specific type of disease; (v) tools to re-annotate probes to lncRNA loci and identify the differential methylation patterns for lncRNAs and PCGs with user-supplied external datasets; (vi) an R package (LncDM) to complete the differentially methylated lncRNAs identification and visualization with local computers. Lnc2Meth provides a timely and valuable resource that can be applied to significantly expand our understanding of the regulatory relationships between lncRNAs and DNA methylation in various human diseases.
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