Strategies to Avoid Artifacts in Mass Spectrometry-Based Epitranscriptome Analyses.
Strategies to Avoid Artifacts in Mass Spectrometry-Based Epitranscriptome Analyses.
复制标题
DOI：
10.1002/anie.202106215
复制
发表时间：
2021-10-25
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kellner S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kaiser S;Byrne SR;Ammann G;Asadi Atoi P;Borland K;Brecheisen R;DeMott MS;Gehrke T;Hagelskamp F;Heiss M;Yoluç Y;Liu L;Zhang Q;Dedon PC;Cao B;Kellner S
在这份报告中，我们对最近报道的RNA硫代修饰(PT)进行了结构验证，这是在细菌和包括人类在内的真核生物中发现的一组新的表位转录组标记。通过高分辨质谱仪(MS)、代谢稳定同位素标记和PT特异性碘脱硫法将合成的含PT的二核糖核苷酸与RNA水解物中的天然物种进行比较，我们证明了在大肠杆菌、酿酒酵母、人细胞系和小鼠脑RNA中不存在PTS。此外，我们还讨论了一种MS伪像是如何导致2‘-O-甲基化二核苷酸错误识别为RNA硫代产物的。为了帮助新的核酸修饰的结构验证，我们提出了一种详细的RNA水解物的MS分析指南，强调了所选择的RNA水解方案如何能够成为发现和定量生物样品中的RNA修饰的决定性因素。为了发现新的RNA修饰，严格的结构验证工作流程是必要的，以避免对人工产物的误解。将合成标准与天然化合物的保留时间、全质谱、高分辨率质谱图和代谢同位素标记进行比较，可以确定RNA的修饰。
In this report, we perform structure validation of recently reported RNA phosphorothioate (PT) modifications, a new set of epitranscriptome marks found in bacteria and eukaryotes including humans. By comparing synthetic PT‐containing diribonucleotides with native species in RNA hydrolysates by high‐resolution mass spectrometry (MS), metabolic stable isotope labeling, and PT‐specific iodine‐desulfurization, we disprove the existence of PTs in RNA from E. coli, S. cerevisiae, human cell lines, and mouse brain. Furthermore, we discuss how an MS artifact led to the initial misidentification of 2′‐O‐methylated diribonucleotides as RNA phosphorothioates. To aid structure validation of new nucleic acid modifications, we present a detailed guideline for MS analysis of RNA hydrolysates, emphasizing how the chosen RNA hydrolysis protocol can be a decisive factor in discovering and quantifying RNA modifications in biological samples. For discovery of novel RNA modifications, a stringent workflow for structure validation is necessary to avoid misinterpretation of artifacts. The comparison of the synthetic standard to the native compound's retention time, full mass spectrum, high‐resolution mass spectrum and metabolic isotope labeling allow for confident identification of RNA modifications.
登录
查看更多内容
大肠杆菌中 IscS 的新靶点：参与 DNA 硫代磷酸化
影响因子：
3.7
作者：
An X;Xiong W;Yang Y;Li F;Zhou X;Wang Z;Deng Z;Liang J
通讯作者：
Liang J
DOI：
10.1073/pnas.72.1.362
发表时间：
1975-01-01
影响因子：
11.1
作者：
FURUICHI, Y;MORGAN, M;SHATKIN, AJ
通讯作者：
SHATKIN, AJ
影响因子：
14.9
作者：
Kellner S;Ochel A;Thüring K;Spenkuch F;Neumann J;Sharma S;Entian KD;Schneider D;Helm M
通讯作者：
Helm M
影响因子：
3.2
作者：
Nilsson, K;Lundgren, HK;Björk, GR
通讯作者：
Björk, GR
DNA 硫代磷酸酯修饰广泛分布于人类微生物组中
影响因子：
5.5
作者：
Sun, Yihua;Kong, Lingxin;You, Delin
通讯作者：
You, Delin