Detection of a common chimeric transcript between human chromosomes 7 and 16.
Detection of a common chimeric transcript between human chromosomes 7 and 16.
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DOI：
10.1186/1745-6150-7-49
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发表时间：
2012-12-29
期刊：
影响因子：
5.5
通讯作者：
Landweber LF
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fang W;Wei Y;Kang Y;Landweber LF
染色体间嵌合RNA分子通常是癌细胞中基因组重排的转录产物。在这里，我们报告了从正常人乳腺上皮细胞的RNA-seq数据中计算检测ZC 3 HAV 1 L和CHMP 1A之间的染色体间RNA融合，以及在多种人类细胞和组织中嵌合转录物的实验确认。我们的实验表征还检测到ZC 3 HAV 1 L-CHMP 1A嵌合RNA的三种变体，表明这些基因参与复杂的剪接。在新的外显子-外显子边界处的融合序列，以及不存在相应的DNA重排，表明这种嵌合RNA可能是通过人细胞中的反式剪接产生的。本文由Rory约翰逊（由Fyodor Kondrashov提名）、Gal Avital和Itai柳井审阅
Interchromosomal chimeric RNA molecules are often transcription products from genomic rearrangement in cancerous cells. Here we report the computational detection of an interchromosomal RNA fusion between ZC3HAV1L and CHMP1A from RNA-seq data of normal human mammary epithelial cells, and experimental confirmation of the chimeric transcript in multiple human cells and tissues. Our experimental characterization also detected three variants of the ZC3HAV1L-CHMP1A chimeric RNA, suggesting that these genes are involved in complex splicing. The fusion sequence at the novel exon-exon boundary, and the absence of corresponding DNA rearrangement suggest that this chimeric RNA is likely produced by trans-splicing in human cells. This article was reviewed by Rory Johnson (nominated by Fyodor Kondrashov); Gal Avital and Itai Yanai
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通讯作者：
Gingeras TR