Genome-wide patterns of genetic variation in worldwide Arabidopsis thaliana accessions from the RegMap panel.
Genome-wide patterns of genetic variation in worldwide Arabidopsis thaliana accessions from the RegMap panel.
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DOI：
10.1038/ng.1042
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发表时间：
2012-01-08
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
Bergelson, Joy
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Horton, Matthew W.;Hancock, Angela M.;Huang, Yu S.;Toomajian, Christopher;Atwell, Susanna;Auton, Adam;Muliyati, N. Wayan;Platt, Alexander;Sperone, F. Gianluca;Vilhjalmsson, Bjarni J.;Nordborg, Magnus;Borevitz, Justin O.;Bergelson, Joy
拟南芥原产于欧亚大陆，由于人为干扰，在世界各地归化。其易于繁殖和巨大的表型变异性使其成为功能，生态和进化遗传学的理想模型系统。迄今为止，对其自然变异的分析涉及少量个体或遗传标记。在这里，我们在250 K SNP上对1，307份世界范围内的种质进行了基因分型，包括几个区域样本，使我们能够以高分辨率描述遗传变异的全球模式。三个互补的测试应用于这些数据揭示了新的选择目标。此外，我们的特点的历史重组的模式，并观察到丰富的热点在基因间区域和重复的DNA，与观察到的模式为人类，但与其他植物物种显着不同。我们正在为这个区域映射（RegMap）小组公开提供种子;它们包括自然发生的非人类物种的最大基因组映射资源。
Arabidopsis thaliana is native to Eurasia and naturalized across the world due to human disturbance. Its easy propagation and immense phenotypic variability make it an ideal model system for functional, ecological and evolutionary genetics. To date, analyses of its natural variation have involved small numbers of individuals or genetic markers. Here we genotype 1,307 world-wide accessions, including several regional samples, at 250K SNPs, enabling us to describe the global pattern of genetic variation with high resolution. Three complementary tests applied to these data reveal novel targets of selection. Furthermore, we characterize the pattern of historical recombination and observe an enrichment of hotspots in intergenic regions and repetitive DNA, consistent with the pattern observed for humans but strikingly different from other plant species. We are making seeds for this Regional Mapping (RegMap) panel publicly available; they comprise the largest genomic mapping resource available for a naturally occurring, non-human, species.
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影响因子：
4.5
作者：
Baxter I;Brazelton JN;Yu D;Huang YS;Lahner B;Yakubova E;Li Y;Bergelson J;Borevitz JO;Nordborg M;Vitek O;Salt DE
通讯作者：
Salt DE
影响因子：
64.8
作者：
Gan X;Stegle O;Behr J;Steffen JG;Drewe P;Hildebrand KL;Lyngsoe R;Schultheiss SJ;Osborne EJ;Sreedharan VT;Kahles A;Bohnert R;Jean G;Derwent P;Kersey P;Belfield EJ;Harberd NP;Kemen E;Toomajian C;Kover PX;Clark RM;Rätsch G;Mott R
通讯作者：
Mott R
影响因子：
11.6
作者：
McDowell, JM;Dhandaydham, M;Dangl, JL
通讯作者：
Dangl, JL
影响因子：
64.8
作者：
Lin, XY;Kaul, SS;Venter, JC
通讯作者：
Venter, JC
影响因子：
56.9
作者：
McVean, GAT;Myers, SR;Donnelly, P
通讯作者：
Donnelly, P