A Triple Knockout (TKO) Proteomics Standard for Diagnosing Ion Interference in Isobaric Labeling Experiments.
A Triple Knockout (TKO) Proteomics Standard for Diagnosing Ion Interference in Isobaric Labeling Experiments.
复制标题
DOI：
10.1007/s13361-016-1434-9
复制
发表时间：
2016-10
影响因子：
3.2
通讯作者：
Gygi, Steven P.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Paulo, Joao A.;O'Connell, Jeremy D.;Gygi, Steven P.
同位素标记是基于定量质谱的蛋白质组学研究的有力策略。这种分析的一个复杂之处在于，具有相似质荷比的多种分析物的共分离导致样品间相对蛋白质丰度测量的失真。如果实施得当，三级质谱和同步前体选择（SPS-MS 3）可以减少这种现象的发生，称为离子干扰。然而，目前没有诊断工具可用于快速准确地评估离子干扰。为了满足这一需求，我们开发了一种基于多重TMT的标准，称为三重敲除（TKO）。该标准品由一式三份的三种酵母蛋白质组组成，每种蛋白质组均来自高丰度蛋白质（Met 6、Pfk 2或Ura 2）缺陷的菌株。这些蛋白质的相对丰度模式，可以从几十个肽的测量推断，是肽定量中的离子干扰的代表。我们预期在蛋白质被敲除的通道中没有信号，从而允许针对零背景的离子干扰测量的最大灵敏度。在这里，我们强调需要进一步调查离子干扰产生的比率失真，并促进TKO标准作为一种工具来调查这些问题。
Isobaric labeling is a powerful strategy for quantitative mass spectrometry-based proteomic investigations. A complication of such analyses has been the co-isolation of multiple analytes of similar mass-to-charge resulting in the distortion of relative protein abundance measurements across samples. When properly implemented, triple-stage mass spectrometry and synchronous precursor selection (SPS-MS3) can reduce the occurrence of this phenomena, referred to as ion interference. However, no diagnostic tool is available currently to rapidly and accurately assess ion interference. To address this need, we developed a multiplexed TMT-based standard, termed the triple knockout (TKO). This standard is comprised of three yeast proteomes in triplicate, each from a strain deficient in a highly abundant protein (Met6, Pfk2, or Ura2). The relative abundance patterns of these proteins, which can be inferred from dozens of peptide measurements, are representative of ion interference in peptide quantification. We expect no signal in channels where the protein is knocked out, permitting maximum sensitivity for measurements of ion interference against a null background. Here, we emphasize the need to investigate further ion interference-generated ratio distortion and promote the TKO standard as a tool to investigate such issues.
登录
查看更多内容
影响因子：
64.5
作者：
Huttlin EL;Jedrychowski MP;Elias JE;Goswami T;Rad R;Beausoleil SA;Villén J;Haas W;Sowa ME;Gygi SP
通讯作者：
Gygi SP
影响因子：
3.2
作者：
LACROUTE, F
通讯作者：
LACROUTE, F
影响因子：
7
作者：
Ross, PL;Huang, YLN;Pappin, DJ
通讯作者：
Pappin, DJ
影响因子：
7.4
作者：
Thompson, A;Schäfer, J;Hamon, C
通讯作者：
Hamon, C
影响因子：
3.4
作者：
Paulo JA;McAllister FE;Everley RA;Beausoleil SA;Banks AS;Gygi SP
通讯作者：
Gygi SP