A Genome Sequence Assembly of the Phototactic and Optogenetic Model Fungus Blastocladiella emersonii Reveals a Diversified Nucleotide-Cyclase Repertoire.
A Genome Sequence Assembly of the Phototactic and Optogenetic Model Fungus Blastocladiella emersonii Reveals a Diversified Nucleotide-Cyclase Repertoire.
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DOI：
10.1093/gbe/evac157
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发表时间：
2022-12-08
影响因子：
3.3
通讯作者：
Richards, Thomas A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Leonard, Guy;Galindo, Luis Javier;Milner, David S.;Avelar, Gabriela Mol;Gomes-Vieira, Andre L.;Gomes, Suely L.;Richards, Thomas A.
壶菌Blastocladiella emersonii产生带有游动尾巴的孢子（游动孢子）;这些细胞可以感知光线并朝着光线游动。对该物种的兴趣源于正在进行的开发B的努力。emersonii作为理解趋光性进化和相关光遗传学回路的分子细胞生物学的模型。在这里，我们报告了一个高度连续的基因组组装和基因注释的B。emersonii美国典型培养物保藏中心22665菌株。我们将PacBio长读文库与Illumina配对末端基因组序列调查整合，导致21个重叠群的组装，总计34.27 Mb。 利用这些数据，我们评估了感觉系统编码基因的多样性。这些分析确定了一个丰富的补充G蛋白偶联受体，离子转运蛋白和核苷酸环化酶，所有这些都已多样化的结构域重组和串联重复。在许多情况下，这些结构域组合导致蛋白质结构域与跨膜结构域融合，将推定的信号传导功能与细胞膜联系在一起。这种模式与B的多元化相一致。emersonii感觉信号系统，这可能在这种真菌复杂的生命周期中发挥着不同的作用。
The chytrid fungus Blastocladiella emersonii produces spores with swimming tails (zoospores); these cells can sense and swim toward light. Interest in this species stems from ongoing efforts to develop B. emersonii as a model for understanding the evolution of phototaxis and the molecular cell biology of the associated optogenetic circuits. Here, we report a highly contiguous genome assembly and gene annotation of the B. emersonii American Type Culture Collection 22665 strain. We integrate a PacBio long-read library with an Illumina paired-end genomic sequence survey leading to an assembly of 21 contigs totaling 34.27 Mb. Using these data, we assess the diversity of sensory system encoding genes. These analyses identify a rich complement of G-protein-coupled receptors, ion transporters, and nucleotide cyclases, all of which have been diversified by domain recombination and tandem duplication. In many cases, these domain combinations have led to the fusion of a protein domain to a transmembrane domain, tying a putative signaling function to the cell membrane. This pattern is consistent with the diversification of the B. emersonii sensory-signaling systems, which likely plays a varied role in the complex life cycle of this fungus.
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影响因子：
14.9
作者：
Mistry J;Chuguransky S;Williams L;Qureshi M;Salazar GA;Sonnhammer ELL;Tosatto SCE;Paladin L;Raj S;Richardson LJ;Finn RD;Bateman A
通讯作者：
Bateman A
DOI：
10.1099/00221287-46-1-135
发表时间：
1967-01-01
期刊：
JOURNAL OF GENERAL MICROBIOLOGY
影响因子：
--
作者：
CHAMBERS, TC;MARKUS, K;WILLOUGHBY, LG
通讯作者：
WILLOUGHBY, LG
影响因子：
2.6
作者：
Challis, Richard;Richards, Edward;Blaxter, Mark
通讯作者：
Blaxter, Mark
影响因子：
4.8
作者：
Kumar, Ramasamy P.;Morehouse, Benjamin R.;Oprian, Daniel D.
通讯作者：
Oprian, Daniel D.
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp348
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Capella-Gutiérrez S;Silla-Martínez JM;Gabaldón T
通讯作者：
Gabaldón T