The genome landscape of the african green monkey kidney-derived vero cell line.
The genome landscape of the african green monkey kidney-derived vero cell line.
复制标题
非洲绿猴肾脏衍生的Vero细胞系的基因组景观。
DOI：
10.1093/dnares/dsu029
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发表时间：
2014-12
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hanada K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Osada N;Kohara A;Yamaji T;Hirayama N;Kasai F;Sekizuka T;Kuroda M;Hanada K
源自哺乳动物组织的连续细胞系不仅是生命科学的宝贵工具，也是生产各种类型生物药物的重要动物细胞基质。 Vero 细胞对各种类型的微生物和毒素敏感，不仅对微生物学而且对人类疫苗的生产做出了广泛贡献。我们在此展示了 Vero 细胞系的基因组图谱，其中在 2.97 GB 的基因组序列中鉴定出了 25,877 个推定的蛋白质编码基因。 12 号染色体上的纯合 ∼9-Mb 缺失导致 Vero 细胞中 I 型干扰素基因簇和细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂基因的丢失。此外，该删除区域周围约 59 Mb 的杂合性损失表明，删除的纯合性是通过大规模转换建立的。此外，对 Vero 细胞的基因组分析揭示了雌性 Chlorocebus sabaeus 的起源和内源性猿猴 D 型逆转录病毒的原病毒变异。这些结果揭示了对各种病原体敏感的非致瘤性永久Vero细胞谱系的基因组基础，并将有助于生成新的亚系和开发Vero细胞质量控制的新工具。
Continuous cell lines that originate from mammalian tissues serve as not only invaluable tools for life sciences, but also important animal cell substrates for the production of various types of biological pharmaceuticals. Vero cells are susceptible to various types of microbes and toxins and have widely contributed to not only microbiology, but also the production of vaccines for human use. We here showed the genome landscape of a Vero cell line, in which 25,877 putative protein-coding genes were identified in the 2.97-Gb genome sequence. A homozygous ∼9-Mb deletion on chromosome 12 caused the loss of the type I interferon gene cluster and cyclin-dependent kinase inhibitor genes in Vero cells. In addition, an ∼59-Mb loss of heterozygosity around this deleted region suggested that the homozygosity of the deletion was established by a large-scale conversion. Moreover, a genomic analysis of Vero cells revealed a female Chlorocebus sabaeus origin and proviral variations of the endogenous simian type D retrovirus. These results revealed the genomic basis for the non-tumourigenic permanent Vero cell lineage susceptible to various pathogens and will be useful for generating new sub-lines and developing new tools in the quality control of Vero cells.
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影响因子：
5.4
作者：
Ma, Hailun;Ma, Yunkun;Khan, Arifa S.
通讯作者：
Khan, Arifa S.
DOI：
10.1093/bioinformatics/btr670
发表时间：
2012-02-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Boeva V;Popova T;Bleakley K;Chiche P;Cappo J;Schleiermacher G;Janoueix-Lerosey I;Delattre O;Barillot E
通讯作者：
Barillot E
DOI：
10.1016/s0092-1157(84)80063-3
发表时间：
1984-01-01
期刊：
JOURNAL OF BIOLOGICAL STANDARDIZATION
影响因子：
--
作者：
LEVENBOOK, IS;PETRICCIANI, JC;ELISBERG, BL
通讯作者：
ELISBERG, BL
DOI：
10.1126/science.1232033
发表时间：
2013-02-15
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Mali P;Yang L;Esvelt KM;Aach J;Guell M;DiCarlo JE;Norville JE;Church GM
通讯作者：
Church GM
影响因子：
2.4
作者：
Haus, Tanja;Akom, Emmanuel;Zinner, Dietmar
通讯作者：
Zinner, Dietmar