RNA biochemistry. Determination of in vivo target search kinetics of regulatory noncoding RNA.
RNA biochemistry. Determination of in vivo target search kinetics of regulatory noncoding RNA.
复制标题
DOI：
10.1126/science.1258849
复制
发表时间：
2015-03-20
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Ha T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fei J;Singh D;Zhang Q;Park S;Balasubramanian D;Golding I;Vanderpool CK;Ha T
核酸之间的碱基配对相互作用在许多生物过程中介导靶识别。我们开发了一个超分辨率成像和建模平台，使在体内确定碱基配对介导的目标识别动力学。我们研究了应激诱导的细菌小RNA，SgrS，其诱导靶mRNA的降解。SgrS以可逆和动态的方式与主要靶mRNA结合，并且SgrS-mRNA复合物的形成是限速的，决定了体内的总体调节效率。第二个目标的检查表明，目标搜索动力学的差异有助于在不同的目标mRNA之间设置调节优先级。这种超分辨率成像和分析方法提供了一个概念框架，可以推广到其他sRNA系统和其他目标搜索过程。
Base-pairing interactions between nucleic acids mediate target recognition in many biological processes. We developed a super-resolution imaging and modeling platform that enabled the in vivo determination of base pairing-mediated target recognition kinetics. We examined a stress-induced bacterial small RNA, SgrS, which induces the degradation of target mRNAs. SgrS binds to a primary target mRNA in a reversible and dynamic fashion, and formation of SgrS-mRNA complexes is rate-limiting, dictating the overall regulation efficiency in vivo. Examination of a secondary target indicated that differences in the target search kinetics contribute to setting the regulation priority among different target mRNAs. This super-resolution imaging and analysis approach provides a conceptual framework that can be generalized to other sRNA systems and other target search processes.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Arluison V;Hohng S;Roy R;Pellegrini O;Régnier P;Ha T
通讯作者：
Ha T
影响因子：
14.9
作者：
Rice JB;Vanderpool CK
通讯作者：
Vanderpool CK
影响因子：
56.9
作者：
Elf, Johan;Li, Gene-Wei;Xie, X. Sunney
通讯作者：
Xie, X. Sunney
影响因子：
48
作者：
Lubeck, Eric;Cai, Long
通讯作者：
Cai, Long
影响因子：
48
作者：
Raj, Arjun;van den Bogaard, Patrick;Rifkin, Scott A.;van Oudenaarden, Alexander;Tyagi, Sanjay
通讯作者：
Tyagi, Sanjay