Highly parallel translation of DNA sequences into small molecules.
Highly parallel translation of DNA sequences into small molecules.
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将DNA序列高度平行地翻译成小分子。
DOI：
10.1371/journal.pone.0028056
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Harbury PB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Weisinger RM;Wrenn SJ;Harbury PB
大量的体外进化工作建立了包含1010至1015个不同分子的生物聚合物文库的实用性，用于发现蛋白质的纳摩尔亲和配体。具有可比复杂性的小分子文库将可能提供纳摩尔亲和力的小分子配体。与生物聚合物不同，小分子可以提供细胞渗透性、低免疫原性、代谢稳定性、快速扩散和廉价的大规模生产的优点。据认为，这种期望的体内行为与小分子的物理性质相关，特别是有限数量的氢键供体和受体，限定范围的疏水性，最重要的是，小于500道尔顿的分子量。创建符合这些标准的1010至1015个小分子的集合需要在三至五个步骤的组合合成中的每个步骤中使用数百至数千个多样性元件。考虑到这一目标，我们已经报道了一组介观流体装置，其能够在高度平行的384孔板格式中实现DNA编程的组合化学。在这里，我们证明，这些设备可以翻译的DNA基因编码384多样性元素每个编码位置成相应的小分子基因产物。这种稳健而有效的方法产生了适合体外进化实验的小分子-DNA缀合物。
A large body of in vitro evolution work establishes the utility of biopolymer libraries comprising 1010 to 1015 distinct molecules for the discovery of nanomolar-affinity ligands to proteins. Small-molecule libraries of comparable complexity will likely provide nanomolar-affinity small-molecule ligands. Unlike biopolymers, small molecules can offer the advantages of cell permeability, low immunogenicity, metabolic stability, rapid diffusion and inexpensive mass production. It is thought that such desirable in vivo behavior is correlated with the physical properties of small molecules, specifically a limited number of hydrogen bond donors and acceptors, a defined range of hydrophobicity, and most importantly, molecular weights less than 500 Daltons. Creating a collection of 1010 to 1015 small molecules that meet these criteria requires the use of hundreds to thousands of diversity elements per step in a combinatorial synthesis of three to five steps. With this goal in mind, we have reported a set of mesofluidic devices that enable DNA-programmed combinatorial chemistry in a highly parallel 384-well plate format. Here, we demonstrate that these devices can translate DNA genes encoding 384 diversity elements per coding position into corresponding small-molecule gene products. This robust and efficient procedure yields small molecule-DNA conjugates suitable for in vitro evolution experiments.
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影响因子：
3.5
作者：
JOYCE, GF
通讯作者：
JOYCE, GF
DOI：
10.1073/pnas.90.8.3715
发表时间：
1993-04-15
影响因子：
11.1
作者：
LANCET, D;SADOVSKY, E;SEIDEMANN, E
通讯作者：
SEIDEMANN, E
影响因子：
64.8
作者：
Lipinski, C;Hopkins, A
通讯作者：
Hopkins, A
DOI：
10.1073/pnas.89.12.5381
发表时间：
1992-06-15
影响因子：
11.1
作者：
BRENNER, S;LERNER, RA
通讯作者：
LERNER, RA
影响因子：
9.8
作者：
Halpin DR;Harbury PB
通讯作者：
Harbury PB