A human cell atlas of fetal chromatin accessibility.
A human cell atlas of fetal chromatin accessibility.
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DOI：
10.1126/science.aba7612
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发表时间：
2020-11-13
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Shendure J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Domcke S;Hill AJ;Daza RM;Cao J;O'Day DR;Pliner HA;Aldinger KA;Pokholok D;Zhang F;Milbank JH;Zager MA;Glass IA;Steemers FJ;Doherty D;Trapnell C;Cusanovich DA;Shendure J
人类细胞类型规范背后的染色质景观具有根本意义。我们生成了胎儿组织中染色质可及性和基因表达的人类细胞图谱。对于染色质可及性，我们设计了一种三级组合索引测定，并将其应用于代表 15 个器官的 53 个样本，分析了约 800,000 个单细胞。我们利用基因表达定义的细胞类型来注释这些数据，并对数十万个表现出细胞类型特异性染色质可及性的候选调控元件进行分类。我们研究谱系特异性转录因子（例如神经元中的 POU2F1）的特性、广泛分布的细胞类型（例如血液、内皮细胞）的器官特异性特化，以及复杂性状遗传力的细胞类型特异性富集。这些数据为探索不同组织和细胞类型的体内人类基因调控提供了丰富的资源。我们报告了涵盖 15 个器官的胎儿染色质可及性的人类细胞图谱。
The chromatin landscape underlying the specification of human cell types is of fundamental interest. We generated human cell atlases of chromatin accessibility and gene expression in fetal tissues. For chromatin accessibility, we devised a three-level combinatorial indexing assay and applied it to 53 samples representing 15 organs, profiling ~800,000 single cells. We leveraged cell types defined by gene expression to annotate these data, and catalog hundreds-of-thousands of candidate regulatory elements exhibiting cell type-specific chromatin accessibility. We investigate the properties of lineage-specific transcription factors (e.g. POU2F1 in neurons), organ-specific specializations of broadly distributed cell types (e.g. blood, endothelial), and cell type-specific enrichments of complex trait heritability. These data represent a rich resource for the exploration of in vivo human gene regulation in diverse tissues and cell types. We report a human cell atlas of fetal chromatin accessibility spanning 15 organs.
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通讯作者：
Chang, Howard Y.