RNA and phosphoprotein profiles of TP53- and PTEN-knockouts in MCF10A at baseline and responding to DNA damage.
RNA and phosphoprotein profiles of TP53- and PTEN-knockouts in MCF10A at baseline and responding to DNA damage.
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DOI：
10.1038/s41597-023-02829-1
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发表时间：
2024-01-04
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Paulovich AG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lin C;Schoenherr RM;Voytovich UJ;Ivey RG;Kennedy JJ;Whiteaker JR;Wang P;Paulovich AG
利用癌症样本产生了丰富的蛋白质组数据，以加深我们对癌症机制的理解，以及与肿瘤抑制基因体细胞突变相关的生物网络如何改变，如TP53和PTEN。为了产生TP53或PTEN缺失的功能特征，我们分析了MCF10A上皮细胞系的RNA和磷蛋白质组，以及它的同源基因TP53或PTEN基因敲除衍生物，在单功能DNA烷基化试剂甲烷磺酸甲酯(MMS)与模拟处理的扰动下。为了能够生成定量和可重复性的质谱学数据，对细胞系进行了SILAC标记(细胞培养中氨基酸的稳定同位素标记)，实验设计包括标记交换和生物复制。所有数据都是公开的，可以用来促进我们对TP53和PTEN抑癌基因的理解，并为蛋白质基因组数据集的生物信息学分析提供功能签名。
A wealth of proteogenomic data has been generated using cancer samples to deepen our understanding of the mechanisms of cancer and how biological networks are altered in association with somatic mutation of tumor suppressor genes, such as TP53 and PTEN. To generate functional signatures of TP53 or PTEN loss, we profiled the RNA and phosphoproteomes of the MCF10A epithelial cell line, along with its congenic TP53- or PTEN-knockout derivatives, upon perturbation with the monofunctional DNA alkylating agent methyl methanesulfonate (MMS) vs. mock treatment. To enable quantitative and reproducible mass spectrometry data generation, the cell lines were SILAC-labeled (stable isotope labeling with amino acids in cell culture), and the experimental design included label swapping and biological replicates. All data are publicly available and may be used to advance our understanding of the TP53 and PTEN tumor suppressor genes and to provide functional signatures for bioinformatic analyses of proteogenomic datasets.
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