plantiSMASH: automated identification, annotation and expression analysis of plant biosynthetic gene clusters.
plantiSMASH: automated identification, annotation and expression analysis of plant biosynthetic gene clusters.
复制标题
Plantismash：植物生物合成基因簇的自动鉴定，注释和表达分析。
DOI：
10.1093/nar/gkx305
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发表时间：
2017-07-03
影响因子：
14.9
通讯作者：
Medema MH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kautsar SA;Suarez Duran HG;Blin K;Osbourn A;Medema MH
植物特化代谢产物具有高度的化学多样性，在宿主-微生物相互作用中起关键作用，在作物中具有重要的营养价值，并且经常用作药物。最近已经清楚，植物生物合成途径编码基因有时密集地聚集在特定的基因组位点：生物合成基因簇（BGC）。在这里，我们介绍plantiSMASH，这是一个多功能的在线分析平台，可自动识别候选植物BGC。此外，它允许整合的转录组数据，以优先考虑候选BGC的基础上预测的生物合成酶编码基因的共表达模式，并促进比较基因组分析，研究每个集群的进化保守性。plantiSMASH应用于48个高质量植物基因组，识别出丰富多样的候选植物BGC。这些结果将指导进一步的实验探索的性质和动力学的基因簇在植物代谢。此外，在植物基因组测序成本持续下降的刺激下，它们将允许基因组挖掘技术应用于植物天然产物的发现。plantiSMASH网络服务器、预先计算的结果和源代码可从http://plantismash.secondarymetabolites.org免费获得。
Plant specialized metabolites are chemically highly diverse, play key roles in host–microbe interactions, have important nutritional value in crops and are frequently applied as medicines. It has recently become clear that plant biosynthetic pathway-encoding genes are sometimes densely clustered in specific genomic loci: biosynthetic gene clusters (BGCs). Here, we introduce plantiSMASH, a versatile online analysis platform that automates the identification of candidate plant BGCs. Moreover, it allows integration of transcriptomic data to prioritize candidate BGCs based on the coexpression patterns of predicted biosynthetic enzyme-coding genes, and facilitates comparative genomic analysis to study the evolutionary conservation of each cluster. Applied on 48 high-quality plant genomes, plantiSMASH identifies a rich diversity of candidate plant BGCs. These results will guide further experimental exploration of the nature and dynamics of gene clustering in plant metabolism. Moreover, spurred by the continuing decrease in costs of plant genome sequencing, they will allow genome mining technologies to be applied to plant natural product discovery. The plantiSMASH web server, precalculated results and source code are freely available from http://plantismash.secondarymetabolites.org.
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影响因子：
15.9
作者：
Jensen, Paul R.
通讯作者：
Jensen, Paul R.
影响因子：
14.8
作者：
Medema, Marnix H.;Fischbach, Michael A.
通讯作者：
Fischbach, Michael A.
影响因子：
14.9
作者：
Blin K;Medema MH;Kazempour D;Fischbach MA;Breitling R;Takano E;Weber T
通讯作者：
Weber T
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts565
发表时间：
2012-12-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Fu L;Niu B;Zhu Z;Wu S;Li W
通讯作者：
Li W
影响因子：
56.9
作者：
Frey, M;Chomet, P;Gierl, A
通讯作者：
Gierl, A