HiBrowse: multi-purpose statistical analysis of genome-wide chromatin 3D organization.
HiBrowse: multi-purpose statistical analysis of genome-wide chromatin 3D organization.
复制标题
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu082
复制
发表时间：
2014-06-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Hovig E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Paulsen J;Sandve GK;Gundersen S;Lien TG;Trengereid K;Hovig E
总结：最近开发的将下一代测序与基于染色体构象捕获的技术（如Hi-C和ChIA-PET）相结合的方法允许表征全基因组染色质3D结构。了解染色质的三维结构是解开全球基因调控的关键下一步，需要分析这些数据的方法。我们开发了HiBrowse，一个用户友好的网络工具，包括一系列基于假设和描述性统计，使用零模型中的现实假设。可用性和实现：所有主流浏览器都支持HiBrowse，并且可以在http://hyperbrowser.uio.no/3d上免费获得。软件是用Python实现的，源代码可通过主网站上的说明下载。联系方式：jonaspau@ifi.uio.no补充信息：补充数据可在生物信息学在线获得。
Summary: Recently developed methods that couple next-generation sequencing with chromosome conformation capture-based techniques, such as Hi-C and ChIA-PET, allow for characterization of genome-wide chromatin 3D structure. Understanding the organization of chromatin in three dimensions is a crucial next step in the unraveling of global gene regulation, and methods for analyzing such data are needed. We have developed HiBrowse, a user-friendly web-tool consisting of a range of hypothesis-based and descriptive statistics, using realistic assumptions in null-models. Availability and implementation: HiBrowse is supported by all major browsers, and is freely available at http://hyperbrowser.uio.no/3d. Software is implemented in Python, and source code is available for download by following instructions on the main site. Contact: jonaspau@ifi.uio.no Supplementary Information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
登录
查看更多内容
α-珠蛋白基因结构域的三维折叠揭示了染色质球的形成。
影响因子：
16.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
16
作者：
Heinz S;Benner C;Spann N;Bertolino E;Lin YC;Laslo P;Cheng JX;Murre C;Singh H;Glass CK
通讯作者：
Glass CK
影响因子：
14.9
作者：
Sandve GK;Gundersen S;Johansen M;Glad IK;Gunathasan K;Holden L;Holden M;Liestøl K;Nygård S;Nygaard V;Paulsen J;Rydbeck H;Trengereid K;Clancy T;Drabløs F;Ferkingstad E;Kalas M;Lien T;Rye MB;Frigessi A;Hovig E
通讯作者：
Hovig E
DOI：
10.1073/pnas.1112570109
发表时间：
2012-06-05
影响因子：
11.1
作者：
Rickman, David S.;Soong, T. David;Rubin, Mark A.
通讯作者：
Rubin, Mark A.
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--