Assignment of virus and antimicrobial resistance genes to microbial hosts in a complex microbial community by combined long-read assembly and proximity ligation
Assignment of virus and antimicrobial resistance genes to microbial hosts in a complex microbial community by combined long-read assembly and proximity ligation
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通过长读长组装和邻近连接相结合，将病毒和抗菌素耐药性基因分配给复杂微生物群落中的微生物宿主
DOI：
10.1101/491175
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发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Bickhart D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bickhart D
我们描述了一种方法，将长读段测序添加到用于组装高度复杂的牛瘤胃微生物群落的技术组合中，并提供了与基于短读段的方法的比较。长读比对和序列间的Hi-C连锁支持了188种新型病毒-宿主关联的鉴定和瘤胃微生物群落中噬菌体生命周期状态的测定。长读片段还鉴定出94个抗微生物药物抗性基因，而短读片段仅鉴定出7个等位基因。我们展示了在高度复杂的瘤胃微生物群落中协同工作以提高生物学特征表征的新技术。
We describe a method that adds long-read sequencing to a mix of technologies used to assemble a highly complex cattle rumen microbial community, and provide a comparison to short read-based methods. Long-read alignments and Hi-C linkage between contigs support the identification of 188 novel virus-host associations and the determination of phage life cycle states in the rumen microbial community. The long-read assembly also identifies 94 antimicrobial resistance genes, compared to only seven alleles in the short-read assembly. We demonstrate novel techniques that work synergistically to improve characterization of biological features in a highly complex rumen microbial community.
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影响因子：
4.6
作者：
Frank JA;Pan Y;Tooming-Klunderud A;Eijsink VGH;McHardy AC;Nederbragt AJ;Pope PB
通讯作者：
Pope PB
MAGpy：用于宏基因组组装基因组 (MAG) 下游分析的可重复管道
DOI：
--
发表时间：
2017
期刊：
bioRxiv
影响因子：
--
作者：
Robert D. Stewart;M. Auffret;T. Snelling;R. Roehe;M. Watson
通讯作者：
M. Watson
影响因子：
5.2
作者：
Grzadziel, Jaroslaw;Galazka, Anna
通讯作者：
Galazka, Anna
影响因子：
5.2
作者：
Mohammed R;Brink GE;Stevenson DM;Neumann AP;Beauchemin KA;Suen G;Weimer PJ
通讯作者：
Weimer PJ
影响因子：
5.2
作者：
Zhou W;Feng Y;Zong Z
通讯作者：
Zong Z