Identification and characterization of three novel small interference RNAs that effectively down-regulate the isolated nucleocapsid gene expression of SARS coronavirus.
Identification and characterization of three novel small interference RNAs that effectively down-regulate the isolated nucleocapsid gene expression of SARS coronavirus.
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三种有效下调 SARS 冠状病毒分离核衣壳基因表达的新型小干扰 RNA 的鉴定和表征
DOI：
10.3390/molecules16021544
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发表时间：
2011-02-11
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Liu L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cao YL;Wang Y;Guo R;Yang F;Zhang Y;Wang SH;Liu L
严重急性呼吸综合征相关冠状病毒（SARS-CoV）的核衣壳（N）蛋白是宿主的主要病理决定因素，可能导致宿主细胞凋亡、上调促炎细胞因子的产生并阻断先天免疫反应。因此，N基因长期以来被认为是设计小干扰RNA（siRNA）的理想靶点。 siRNA 是一类大小为 21-25nt 的小非编码 RNA，在转录后发挥作用，阻断靶基因表达。在本研究中，我们分析了16个不同分离株的N基因编码序列，发现核苷酸缺失和取代主要位于前440nt序列。结合之前的报告和上述序列信息，我们创建了三种新型 siRNA，专门针对 N 基因中的保守和未开发区域。我们证明这些 siRNA 可以有效且特异性地阻断哺乳动物细胞中分离的 N 基因表达。此外，我们提供的证据表明，N基因可以有效上调M基因介导的干扰素β（IFNβ）产生，而通过特异性siRNA阻断N基因表达可显着降低IFNβ基因表达。我们的数据表明，siRNA 对分离的 N 基因表达的抑制作用可能受到目标位点周围序列背景的影响。
Nucleocapsid (N) protein of severe acute respiratory syndrome-associated coronavirus (SARS-CoV) is a major pathological determinant in the host that may cause host cell apoptosis, upregulate the proinflammatory cytokine production, and block innate immune responses. Therefore, N gene has long been thought an ideal target for the design of small interference RNA (siRNA). siRNA is a class of small non-coding RNAs with a size of 21-25nt that functions post-transcriptionally to block targeted gene expression. In this study, we analyzed the N gene coding sequences derived from 16 different isolates, and found that nucleotide deletions and substitutions are mainly located at the first 440nt sequence. Combining previous reports and the above sequence information, we create three novel siRNAs that specifically target the conserved and unexploited regions in the N gene. We show that these siRNAs could effectively and specifically block the isolated N gene expression in mammal cells. Furthermore, we provide evidence to show that N gene can effectively up-regulate M gene mediated interferon β (IFNβ) production, while blocking N gene expression by specific siRNA significantly reduces IFNβ gene expression. Our data indicate that the inhibitory effect of siRNA on the isolated N gene expression might be influenced by the sequence context around the targeted sites.
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