The Stress Granule Transcriptome Reveals Principles of mRNA Accumulation in Stress Granules.
The Stress Granule Transcriptome Reveals Principles of mRNA Accumulation in Stress Granules.
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DOI：
10.1016/j.molcel.2017.10.015
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发表时间：
2017-11-16
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
Parker R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Khong A;Matheny T;Jain S;Mitchell SF;Wheeler JR;Parker R
应激颗粒是由非翻译mRNA形成的mRNA-蛋白质组装体。应激颗粒在应激反应中起重要作用，并可能导致某些退行性疾病。在这里，我们通过纯化的应激颗粒核心的RNA-Seq分析和smFISH验证来描述酵母和哺乳动物细胞的应激颗粒转录组。虽然基本上每种mRNA和一些ncRNA都可以靶向应激颗粒，但靶向效率从95%到95%不等<1% to >。应激颗粒中mRNA的积累与较长的编码区和UTR区以及较差的可翻译性相关。通过smFISH对RNA-Seq分析进行定量显示，只有10%的大量mRNA分子积累在哺乳动物应激颗粒中，只有185个基因的mRNA分子超过50%在应激颗粒中。这些结果表明，应力颗粒可能不代表一个特定的生物程序的mRNP组装，而是形成的非翻译mRNP的缩合成比例的长度和缺乏与核糖体的关联。
Stress granules are mRNA-protein assemblies formed from nontranslating mRNAs. Stress granules are important in the stress response and may contribute to some degenerative diseases. Here we describe the stress granule transcriptome of yeast and mammalian cells through RNA-Seq analysis of purified stress granule cores and smFISH validation. While essentially every mRNA, and some ncRNAs, can be targeted to stress granules, the targeting efficiency varies from <1% to >95%. mRNA accumulation in stress granules correlates with longer coding and UTR regions and poor translatability. Quantifying the RNA-Seq analysis by smFISH reveals only 10% of bulk mRNA molecules accumulate in mammalian stress granules, and only 185 genes have more than 50% of their mRNA molecules in stress granules. These results suggest stress granules may not represent a specific biological program of mRNP assembly, but instead form by condensation of nontranslating mRNPs in proportion to their length and lack of association with ribosomes.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
DOI：
10.1083/jcb.201302044
发表时间：
2013-04-29
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
Li YR;King OD;Shorter J;Gitler AD
通讯作者：
Gitler AD
影响因子：
14.9
作者：
Bley N;Lederer M;Pfalz B;Reinke C;Fuchs T;Glaß M;Möller B;Hüttelmaier S
通讯作者：
Hüttelmaier S
影响因子：
11.4
作者：
Kim, Woo Jae;Kim, Joon Hyun;Jang, Sung Key
通讯作者：
Jang, Sung Key