Observing micro-evolutionary processes of viral populations at multiple scales.
Observing micro-evolutionary processes of viral populations at multiple scales.
复制标题
在多个尺度上观察病毒种群的微观进化过程。
DOI：
10.1098/rstb.2012.0203
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发表时间：
2013-03-19
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Haydon DT
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Orton RJ;Wright CF;Morelli MJ;Juleff N;Thébaud G;Knowles NJ;Valdazo-González B;Paton DJ;King DP;Haydon DT
测序技术的进步加上新的综合数据分析方法，为利用病原体基因组数据促进我们对传播的理解提供了潜在的变革性机会。然而，为了最大限度地了解这些遗传数据可以提供的见解，我们需要更多地了解病原体的微进化是如何在不同的生物组织尺度上观察到的。本文从组织、动物、畜群和地区等不同尺度对口蹄疫病毒的进化过程进行了研究。在每个尺度上，我们观察到类似的种群扩张、突变和选择过程，导致突变在增加的时间尺度上积累。虽然目前的数据有限，但与在个体范围内观察到的情况相比，核苷酸替代率在个体与个体之间的传播事件中似乎更快，这表明个体之间的病毒种群瓶颈促进了多态性的固定。研究发现，个体与个体之间的核苷酸替代率与群体与群体之间的传播率相同，这表明群体水平上的病毒多样化并未在区域范围内保留。
Advances in sequencing technology coupled with new integrative approaches to data analysis provide a potentially transformative opportunity to use pathogen genome data to advance our understanding of transmission. However, to maximize the insights such genetic data can provide, we need to understand more about how the microevolution of pathogens is observed at different scales of biological organization. Here, we examine the evolutionary processes in foot-and-mouth disease virus observed at different scales, ranging from the tissue, animal, herd and region. At each scale, we observe analogous processes of population expansion, mutation and selection resulting in the accumulation of mutations over increasing time scales. While the current data are limited, rates of nucleotide substitution appear to be faster over individual-to-individual transmission events compared with those observed at a within-individual scale suggesting that viral population bottlenecks between individuals facilitate the fixation of polymorphisms. Longer-term rates of nucleotide substitution were found to be equivalent in individual-to-individual transmission compared with herd-to-herd transmission indicating that viral diversification at the herd level is not retained at a regional scale.
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影响因子：
3.1
作者：
Li, Yong;Huang, Xuan;Zheng, Congyi
通讯作者：
Zheng, Congyi
影响因子：
4.9
作者：
Clement, M;Posada, D;Crandall, KA
通讯作者：
Crandall, KA
DOI：
10.1073/pnas.96.24.13910
发表时间：
1999-11-23
影响因子：
11.1
作者：
Drake, JW;Holland, JJ
通讯作者：
Holland, JJ
影响因子：
--
作者：
EIGEN, M;SCHUSTER, P
通讯作者：
SCHUSTER, P
影响因子：
3.1
作者：
Kampmann, Marie-Louise;Fordyce, Sarah L.;Gilbert, M. Thomas P.
通讯作者：
Gilbert, M. Thomas P.