Complexity reduction of polymorphic sequences (CRoPS): a novel approach for large-scale polymorphism discovery in complex genomes.
Complexity reduction of polymorphic sequences (CRoPS): a novel approach for large-scale polymorphism discovery in complex genomes.
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多态性序列的复杂性降低（农作物）：复杂基因组中大规模多态性发现的新方法。
DOI：
10.1371/journal.pone.0001172
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发表时间：
2007-11-14
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
van Eijk, Michiel J. T.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
van Orsouw, Nathalie J.;Hogers, Rene C. J.;Janssen, Antoine;Yalcin, Feyruz;Snoeijers, Sandor;Verstege, Esther;Schneiders, Harrie;van der Poel, Hein;van Oeveren, Jan;Verstegen, Harold;van Eijk, Michiel J. T.
单核苷酸多态性（SNPs）的应用正在给人类生物医学研究带来革命性的变化。然而，尽管桑格测序技术已广泛应用，但在低多态性物种中发现多态性仍然是一项具有挑战性且成本高昂的工作。我们提出了CRoPS™这种新方法用于发现多态性，它将AFLP®可重复的基因组复杂度降低能力与基因组测序仪（GS）20/GS FLX新一代测序技术相结合。利用CRoPS，对来自两个或多个样本的经过复杂度降低的基因组序列所产生的数十万条序列读取进行处理，并使用全自动生物信息学流程挖掘其中的SNPs。我们表明，使用CRoPS发现的超过75%的假定玉米SNPs都能成功转化为SNPWave®检测，证实它们是来自独特（单拷贝）基因组序列的真正SNPs。通过使用CRoPS，在基因组中含有大量重复DNA和/或（育种）种质中多态性水平较低的生物中，无需事先的序列信息就能够以可承受的成本进行多态性发现。
Application of single nucleotide polymorphisms (SNPs) is revolutionizing human bio-medical research. However, discovery of polymorphisms in low polymorphic species is still a challenging and costly endeavor, despite widespread availability of Sanger sequencing technology. We present CRoPS™ as a novel approach for polymorphism discovery by combining the power of reproducible genome complexity reduction of AFLP® with Genome Sequencer (GS) 20/GS FLX next-generation sequencing technology. With CRoPS, hundreds-of-thousands of sequence reads derived from complexity-reduced genome sequences of two or more samples are processed and mined for SNPs using a fully-automated bioinformatics pipeline. We show that over 75% of putative maize SNPs discovered using CRoPS are successfully converted to SNPWave® assays, confirming them to be true SNPs derived from unique (single-copy) genome sequences. By using CRoPS, polymorphism discovery will become affordable in organisms with high levels of repetitive DNA in the genome and/or low levels of polymorphism in the (breeding) germplasm without the need for prior sequence information.
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