Methy-Pipe: an integrated bioinformatics pipeline for whole genome bisulfite sequencing data analysis.
Methy-Pipe: an integrated bioinformatics pipeline for whole genome bisulfite sequencing data analysis.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0100360
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Sun H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jiang P;Sun K;Lun FM;Guo AM;Wang H;Chan KC;Chiu RW;Lo YM;Sun H
DNA甲基化是最重要的表观遗传修饰之一，在各种生物学过程中起着至关重要的作用。DNA甲基化水平可以使用全基因组亚硫酸氢盐测序以单碱基分辨率测量。然而，到目前为止，用于进行整合甲基化数据分析的公开可用软件仍然很少。在这项研究中，我们实现了Methy-Pipe，它不仅满足了核心数据分析需求（例如序列比对，差异甲基化分析等），而且为甲基化数据注释和可视化提供了有用的工具。具体而言，它使用Burrow-Wheeler变换（BWT）算法来直接将亚硫酸氢盐测序读数与参考基因组进行比对，并使用统计方法实现了一种新的基于滑动窗口的方法来识别差异甲基化区域（DMR）。处理数据的能力使其能够超越其他一些亚硫酸氢盐对齐软件包。为了证明其实用性和性能，我们将其应用于真实的和模拟的亚硫酸氢盐测序数据集。结果表明，Methy-Pipe可以准确地估计甲基化密度，识别DMR，并为下游甲基化数据分析提供多种实用程序。总之，Methy-Pipe是一种有用的管道，可以以高效，准确和用户友好的方式处理全基因组亚硫酸氢盐测序数据。软件和测试数据集可在http://sunlab.lihs.cuhk.edu.hk/methy-pipe/上获得。
DNA methylation, one of the most important epigenetic modifications, plays a crucial role in various biological processes. The level of DNA methylation can be measured using whole-genome bisulfite sequencing at single base resolution. However, until now, there is a paucity of publicly available software for carrying out integrated methylation data analysis. In this study, we implemented Methy-Pipe, which not only fulfills the core data analysis requirements (e.g. sequence alignment, differential methylation analysis, etc.) but also provides useful tools for methylation data annotation and visualization. Specifically, it uses Burrow-Wheeler Transform (BWT) algorithm to directly align bisulfite sequencing reads to a reference genome and implements a novel sliding window based approach with statistical methods for the identification of differentially methylated regions (DMRs). The capability of processing data parallelly allows it to outperform a number of other bisulfite alignment software packages. To demonstrate its utility and performance, we applied it to both real and simulated bisulfite sequencing datasets. The results indicate that Methy-Pipe can accurately estimate methylation densities, identify DMRs and provide a variety of utility programs for downstream methylation data analysis. In summary, Methy-Pipe is a useful pipeline that can process whole genome bisulfite sequencing data in an efficient, accurate, and user-friendly manner. Software and test dataset are available at http://sunlab.lihs.cuhk.edu.hk/methy-pipe/.
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影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
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作者：
Lim JQ;Tennakoon C;Li G;Wong E;Ruan Y;Wei CL;Sung WK
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Sung WK
影响因子：
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作者：
Akalin A;Kormaksson M;Li S;Garrett-Bakelman FE;Figueroa ME;Melnick A;Mason CE
通讯作者：
Mason CE
DOI：
10.1073/pnas.1215145110
发表时间：
2013-04-09
影响因子：
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作者：
Schroeder, Diane I.;Blair, John D.;LaSalle, Janine M.
通讯作者：
LaSalle, Janine M.
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作者：
Benoukraf T;Wongphayak S;Hadi LH;Wu M;Soong R
通讯作者：
Soong R