GBSA: a comprehensive software for analysing whole genome bisulfite sequencing data.
GBSA: a comprehensive software for analysing whole genome bisulfite sequencing data.
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DOI：
10.1093/nar/gks1281
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发表时间：
2013-02-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Soong R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Benoukraf T;Wongphayak S;Hadi LH;Wu M;Soong R
高通量测序越来越多地与亚硫酸氢盐（BS）测定结合使用，以研究核苷酸分辨率下的DNA甲基化。虽然几个程序提供了BS处理的读数的全基因组比对，但所得信息不容易解释，并且通常需要进一步的生物信息学步骤进行有意义的分析。目前的比对后BS测序程序通常集中在基因特异性水平，当需要在非编码区（如增强子和基因间microRNA）中进行分析时，这是一个限制性特征。在这里，我们介绍基因组亚硫酸氢盐测序分析仪（GBSA-http：//ctrad-csi.nus.edu.sg/gbsa），这是一款免费的开源软件，能够分析以基因为中心或与基因无关的全基因组亚硫酸氢盐测序数据。通过对迄今为止最大的已发表数据集的分析，我们展示了GBSA在提供测序质量评估、甲基化评分、功能数据管理和核苷酸分辨率下基因组甲基化可视化方面的功能。此外，我们表明，GBSA的输出可以很容易地与其他高通量测序数据，如RNA-Seq或ChIP-seq整合，以阐明甲基化基因间区域在基因调控中的作用。从本质上讲，GBSA不仅允许研究人员探索已知的基因座，还可以探索所有的基因组区域，甲基化研究可能会发现新的调控机制。
High-throughput sequencing is increasingly being used in combination with bisulfite (BS) assays to study DNA methylation at nucleotide resolution. Although several programmes provide genome-wide alignment of BS-treated reads, the resulting information is not readily interpretable and often requires further bioinformatic steps for meaningful analysis. Current post-alignment BS-sequencing programmes are generally focused on the gene-specific level, a restrictive feature when analysis in the non-coding regions, such as enhancers and intergenic microRNAs, is required. Here, we present Genome Bisulfite Sequencing Analyser (GBSA—http://ctrad-csi.nus.edu.sg/gbsa), a free open-source software capable of analysing whole-genome bisulfite sequencing data with either a gene-centric or gene-independent focus. Through analysis of the largest published data sets to date, we demonstrate GBSA’s features in providing sequencing quality assessment, methylation scoring, functional data management and visualization of genomic methylation at nucleotide resolution. Additionally, we show that GBSA’s output can be easily integrated with other high-throughput sequencing data, such as RNA-Seq or ChIP-seq, to elucidate the role of methylated intergenic regions in gene regulation. In essence, GBSA allows an investigator to explore not only known loci but also all the genomic regions, for which methylation studies could lead to the discovery of new regulatory mechanisms.
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影响因子：
3
作者：
Rohde C;Zhang Y;Reinhardt R;Jeltsch A
通讯作者：
Jeltsch A
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp472
发表时间：
2009-10-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Nicol JW;Helt GA;Blanchard SG Jr;Raja A;Loraine AE
通讯作者：
Loraine AE
影响因子：
14.9
作者：
Lutsik P;Feuerbach L;Arand J;Lengauer T;Walter J;Bock C
通讯作者：
Bock C
DOI：
10.1084/jem.20100204
发表时间：
2010-08-30
期刊：
The Journal of experimental medicine
影响因子：
--
作者：
Lai AY;Fatemi M;Dhasarathy A;Malone C;Sobol SE;Geigerman C;Jaye DL;Mav D;Shah R;Li L;Wade PA
通讯作者：
Wade PA
影响因子：
64.8
作者：
Meissner, Alexander;Mikkelsen, Tarjei S.;Gu, Hongcang;Wernig, Marius;Hanna, Jacob;Sivachenko, Andrey;Zhang, Xiaolan;Bernstein, Bradley E.;Nusbaum, Chad;Jaffe, David B.;Gnirke, Andreas;Jaenisch, Rudolf;Lander, Eric S.
通讯作者：
Lander, Eric S.