poreCov-An Easy to Use, Fast, and Robust Workflow for SARS-CoV-2 Genome Reconstruction via Nanopore Sequencing.
poreCov-An Easy to Use, Fast, and Robust Workflow for SARS-CoV-2 Genome Reconstruction via Nanopore Sequencing.
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DOI：
10.3389/fgene.2021.711437
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发表时间：
2021
影响因子：
3.7
通讯作者：
Hölzer M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Brandt C;Krautwurst S;Spott R;Lohde M;Jundzill M;Marquet M;Hölzer M
为了应对 SARS-CoV-2 大流行，世界范围内大力加强了测序工作，以跟踪和追踪持续的病毒进化。通过 ARTIC 协议进行纳米孔测序等技术可根据原始测序数据可靠地生成基因组，作为分子监测的重要基础。然而，对于许多进行 SARS-CoV-2 测序的实验室来说，生物信息学仍然是一个主要瓶颈，特别是在需要重复处理数百个样本的情况下。为短读数据开发的管道不能应用于纳米孔数据。因此，需要精心策划特定的长读工具和参数设置，以便能够根据纳米孔数据对 SARS-CoV-2 基因组进行准确的基因分型和基于参考的稳健基因组重建。在这里，我们介绍了 poreCov，这是一种用 Nextflow 编写的高度并行工作流程，它使用容器将常规 SARS-CoV-2 测序实验室所需的所有工具包装到一个程序中。安装简便，再加上清晰突出显示所有相关信息的简明摘要报告，可以快速可靠地分析数百个 SARS-CoV-2 原始序列数据集或基因组。 poreCov 可在 GNUv3 许可证下在 GitHub 上免费获取：github.com/replikation/poreCov。
In response to the SARS-CoV-2 pandemic, a highly increased sequencing effort has been established worldwide to track and trace ongoing viral evolution. Technologies, such as nanopore sequencing via the ARTIC protocol are used to reliably generate genomes from raw sequencing data as a crucial base for molecular surveillance. However, for many labs that perform SARS-CoV-2 sequencing, bioinformatics is still a major bottleneck, especially if hundreds of samples need to be processed in a recurring fashion. Pipelines developed for short-read data cannot be applied to nanopore data. Therefore, specific long-read tools and parameter settings need to be orchestrated to enable accurate genotyping and robust reference-based genome reconstruction of SARS-CoV-2 genomes from nanopore data. Here we present poreCov, a highly parallel workflow written in Nextflow, using containers to wrap all the tools necessary for a routine SARS-CoV-2 sequencing lab into one program. The ease of installation, combined with concise summary reports that clearly highlight all relevant information, enables rapid and reliable analysis of hundreds of SARS-CoV-2 raw sequence data sets or genomes. poreCov is freely available on GitHub under the GNUv3 license: github.com/replikation/poreCov.
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DOI：
10.1016/j.dental.2021.01.015
发表时间：
2021-03
期刊：
Dental materials : official publication of the Academy of Dental Materials
影响因子：
--
作者：
Durner J;Burggraf S;Czibere L;Tehrani A;Watts DC;Becker M
通讯作者：
Becker M
影响因子：
5.8
作者：
Li, Heng
通讯作者：
Li, Heng
影响因子：
9.2
作者：
Danecek P;Bonfield JK;Liddle J;Marshall J;Ohan V;Pollard MO;Whitwham A;Keane T;McCarthy SA;Davies RM;Li H
通讯作者：
Li H
影响因子：
3.7
作者：
Itokawa K;Sekizuka T;Hashino M;Tanaka R;Kuroda M
通讯作者：
Kuroda M
影响因子：
5.5
作者：
Yan Y;Wu K;Chen J;Liu H;Huang Y;Zhang Y;Xiong J;Quan W;Wu X;Liang Y;He K;Jia Z;Wang D;Liu D;Wei H;Chen J
通讯作者：
Chen J