Comparative genomic analysis reveals metabolic flexibility of Woesearchaeota.
Comparative genomic analysis reveals metabolic flexibility of Woesearchaeota.
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比较基因组分析揭示了Woesearchaeota的代谢灵活性
DOI：
10.1038/s41467-021-25565-9
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发表时间：
2021-09-06
影响因子：
16.6
通讯作者：
Li M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Huang WC;Liu Y;Zhang X;Zhang CJ;Zou D;Zheng S;Xu W;Luo Z;Liu F;Li M
在DPANN超门内的古菌门Woesearchaeota包括栖息在各种环境中的遗传多样性微生物。由于缺乏培养的分离株，对它们的生物学知之甚少。在这里，我们分析了Woesearchaeota 16 S rRNA基因序列和宏基因组组装基因组的数据集，以推断全球分布模式，生态偏好和代谢能力。系统基因组学分析表明，该门可分为10个亚组，称为A-J。虽然大多数人的生活方式是共生的，但J亚群的一些成员可能是不依赖宿主的。包括J亚群在内的几种沃氏古菌的基因组编码推定的[FeFe]氢化酶（已知对其他生物的发酵很重要），这表明这些古菌可能是厌氧发酵异养菌。古菌门Woesearchaeota的生物学由于缺乏培养的分离物而知之甚少。在这里，作者分析了Woesearchaeota 16 S rRNA基因序列和宏基因组组装基因组的数据集，以推断全球分布模式，生态偏好和代谢能力。
The archaeal phylum Woesearchaeota, within the DPANN superphylum, includes phylogenetically diverse microorganisms that inhabit various environments. Their biology is poorly understood due to the lack of cultured isolates. Here, we analyze datasets of Woesearchaeota 16S rRNA gene sequences and metagenome-assembled genomes to infer global distribution patterns, ecological preferences and metabolic capabilities. Phylogenomic analyses indicate that the phylum can be classified into ten subgroups, termed A–J. While a symbiotic lifestyle is predicted for most, some members of subgroup J might be host-independent. The genomes of several Woesearchaeota, including subgroup J, encode putative [FeFe] hydrogenases (known to be important for fermentation in other organisms), suggesting that these archaea might be anaerobic fermentative heterotrophs. The biology of the archaeal phylum Woesearchaeota is poorly understood due to the lack of cultured isolates. Here, the authors analyze datasets of Woesearchaeota 16 S rRNA gene sequences and metagenome-assembled genomes to infer global distribution patterns, ecological preferences and metabolic capabilities.
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影响因子：
16.6
作者：
Golyshina OV;Toshchakov SV;Makarova KS;Gavrilov SN;Korzhenkov AA;La Cono V;Arcadi E;Nechitaylo TY;Ferrer M;Kublanov IV;Wolf YI;Yakimov MM;Golyshin PN
通讯作者：
Golyshin PN
影响因子：
5.2
作者：
Buckel W;Thauer RK
通讯作者：
Thauer RK
影响因子：
10.7
作者：
Hoang DT;Chernomor O;von Haeseler A;Minh BQ;Vinh LS
通讯作者：
Vinh LS
影响因子：
9.2
作者：
Castelle, Cindy J.;Wrighton, Kelly C.;Banfield, Jillian F.
通讯作者：
Banfield, Jillian F.
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp348
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Capella-Gutiérrez S;Silla-Martínez JM;Gabaldón T
通讯作者：
Gabaldón T