Galaxy workflows for fragment-based virtual screening: a case study on the SARS-CoV-2 main protease.
Galaxy workflows for fragment-based virtual screening: a case study on the SARS-CoV-2 main protease.
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DOI：
10.1186/s13321-022-00588-6
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发表时间：
2022-04-12
影响因子：
8.6
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
我们提出了几个工作流程中使用的工作流程管理系统银河蛋白质配体对接和自由能计算。工作流程由几个广泛使用的开源工具组成，包括rDock和GROMACS，可以使用Galaxy的图形界面或命令行在公共基础设施上执行。我们证明了效用的工作流程，通过运行一个高通量的虚拟筛选约50000化合物对SARS-CoV-2的主要蛋白酶，一个系统，这一直是在过去的一年中的激烈研究的主题。在线版本包含补充材料，可通过10.1186/s13321-022-00588-6获得。
We present several workflows for protein-ligand docking and free energy calculation for use in the workflow management system Galaxy. The workflows are composed of several widely used open-source tools, including rDock and GROMACS, and can be executed on public infrastructure using either Galaxy’s graphical interface or the command line. We demonstrate the utility of the workflows by running a high-throughput virtual screening of around 50000 compounds against the SARS-CoV-2 main protease, a system which has been the subject of intense study in the last year. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13321-022-00588-6.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btx192
发表时间：
2017-08-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
da Veiga Leprevost F;Grüning BA;Alves Aflitos S;Röst HL;Uszkoreit J;Barsnes H;Vaudel M;Moreno P;Gatto L;Weber J;Bai M;Jimenez RC;Sachsenberg T;Pfeuffer J;Vera Alvarez R;Griss J;Nesvizhskii AI;Perez-Riverol Y
通讯作者：
Perez-Riverol Y
影响因子：
16.6
作者：
Douangamath A;Fearon D;Gehrtz P;Krojer T;Lukacik P;Owen CD;Resnick E;Strain-Damerell C;Aimon A;Ábrányi-Balogh P;Brandão-Neto J;Carbery A;Davison G;Dias A;Downes TD;Dunnett L;Fairhead M;Firth JD;Jones SP;Keeley A;Keserü GM;Klein HF;Martin MP;Noble MEM;O'Brien P;Powell A;Reddi RN;Skyner R;Snee M;Waring MJ;Wild C;London N;von Delft F;Walsh MA
通讯作者：
Walsh MA
影响因子：
8.6
作者：
O'Boyle NM;Banck M;James CA;Morley C;Vandermeersch T;Hutchison GR
通讯作者：
Hutchison GR
影响因子：
5.8
作者：
Senapathi, Tharindu;Bray, Simon;Naidoo, Kevin J.
通讯作者：
Naidoo, Kevin J.
影响因子：
3
作者：
Wang, JM;Wolf, RM;Case, DA
通讯作者：
Case, DA