A yeast one-hybrid and microfluidics-based pipeline to map mammalian gene regulatory networks.
A yeast one-hybrid and microfluidics-based pipeline to map mammalian gene regulatory networks.
复制标题
DOI：
10.1038/msb.2013.38
复制
发表时间：
2013-08-06
影响因子：
9.9
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
基因启动子和增强子的全面定位大大提高了我们对哺乳动物调控基因组如何组织的理解。一个重要的挑战是阐明这些调控元件如何通过识别它们的反调控输入来促进基因表达。在这里，我们提出了一个小鼠特异性转录因子（TF）开放阅读框架克隆文库的产生，并在酵母单杂交试验中实施，以实现与小鼠调控元件的大规模蛋白质- dna相互作用检测。一旦确定了特定的相互作用，我们就使用基于微流体的方法来验证并在各自的DNA序列中精确地绘制它们。使用描述良好的调控元件以及孤儿增强子，我们展示了这种跨平台的管道特征，并揭示了许多新的TF-DNA相互作用。此外，我们提供的证据表明，这些新的相互作用中的一些在体内是相关的，并有助于阐明增强子的调控结构。
The comprehensive mapping of gene promoters and enhancers has significantly improved our understanding of how the mammalian regulatory genome is organized. An important challenge is to elucidate how these regulatory elements contribute to gene expression by identifying their trans-regulatory inputs. Here, we present the generation of a mouse-specific transcription factor (TF) open-reading frame clone library and its implementation in yeast one-hybrid assays to enable large-scale protein–DNA interaction detection with mouse regulatory elements. Once specific interactions are identified, we then use a microfluidics-based method to validate and precisely map them within the respective DNA sequences. Using well-described regulatory elements as well as orphan enhancers, we show that this cross-platform pipeline characterizes known and uncovers many novel TF–DNA interactions. In addition, we provide evidence that several of these novel interactions are relevant in vivo and aid in elucidating the regulatory architecture of enhancers.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1093/bioinformatics/btr064
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Grant CE;Bailey TL;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
DOI：
10.1073/pnas.0604579103
发表时间：
2006-11-07
影响因子：
11.1
作者：
Bansal, Dimple;Scholl, Claudia;Huntly, Brian J. P.
通讯作者：
Huntly, Brian J. P.
影响因子：
56.9
作者：
Carninci, P;Kasukawa, T;Hayashizaki, Y
通讯作者：
Hayashizaki, Y
影响因子：
64.8
作者：
Heintzman, Nathaniel D.;Hon, Gary C.;Hawkins, R. David;Kheradpour, Pouya;Stark, Alexander;Harp, Lindsey F.;Ye, Zhen;Lee, Leonard K.;Stuart, Rhona K.;Ching, Christina W.;Ching, Keith A.;Antosiewicz-Bourget, Jessica E.;Liu, Hui;Zhang, Xinmin;Green, Roland D.;Lobanenkov, Victor V.;Stewart, Ron;Thomson, James A.;Crawford, Gregory E.;Kellis, Manolis;Ren, Bing
通讯作者：
Ren, Bing
DOI：
10.1093/bfgp/elp001
发表时间：
2009-01-01
期刊：
Briefings in Functional Genomics & Proteomics
影响因子：
--
作者：
Deplancke, Bart
通讯作者：
Deplancke, Bart