Global 'bootprinting' reveals the elastic architecture of the yeast TFIIIB-TFIIIC transcription complex in vivo.
Global 'bootprinting' reveals the elastic architecture of the yeast TFIIIB-TFIIIC transcription complex in vivo.
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DOI：
10.1093/nar/gkt611
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发表时间：
2013-09
影响因子：
14.9
通讯作者：
Clark DJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nagarajavel V;Iben JR;Howard BH;Maraia RJ;Clark DJ
TFIIIB和TFIIIC是RNA聚合酶III转录所需的多亚基因子。我们提出了一个全基因组的高分辨率的足迹图TFIIIB-TFIIIC复合物在酿酒酵母，获得微球菌核酸酶抗性DNA的双末端测序。在tRNA基因上，TFIIIB和TFIIIC形成稳定的复合物，具有相同的独特占据模式，但呈镜像，称为“引导”。全局分析表明，TFIIIB-TFIIIC转录复合物具有显着的结构弹性：tRNA基因的长度变化显着，但仍然受到TFIIIC的保护。内含子，当存在时，明显较少保护。RNA聚合酶III转录终止子被灵活地容纳在转录复合物中，并且出乎意料地通过限定其3′-边界而发挥主要的结构作用。ETC网站，其中TFIIIC结合没有TFIIIB，表现出不同的bootprint，表明TFIIIC形式涉及其他因素的复合物。我们确认了6个ETC站点，并报告了1个新站点（ETC 10）。令人惊讶的是，TFIIIC，而不是TFIIIB，与一些着丝粒核小体相互作用，这表明TFIIIC和着丝粒之间的相互作用可能是重要的细胞核的三维组织。
TFIIIB and TFIIIC are multi-subunit factors required for transcription by RNA polymerase III. We present a genome-wide high-resolution footprint map of TFIIIB–TFIIIC complexes in Saccharomyces cerevisiae, obtained by paired-end sequencing of micrococcal nuclease-resistant DNA. On tRNA genes, TFIIIB and TFIIIC form stable complexes with the same distinctive occupancy pattern but in mirror image, termed ‘bootprints’. Global analysis reveals that the TFIIIB–TFIIIC transcription complex exhibits remarkable structural elasticity: tRNA genes vary significantly in length but remain protected by TFIIIC. Introns, when present, are markedly less protected. The RNA polymerase III transcription terminator is flexibly accommodated within the transcription complex and, unexpectedly, plays a major structural role by delimiting its 3′-boundary. The ETC sites, where TFIIIC binds without TFIIIB, exhibit different bootprints, suggesting that TFIIIC forms complexes involving other factors. We confirm six ETC sites and report a new site (ETC10). Surprisingly, TFIIIC, but not TFIIIB, interacts with some centromeric nucleosomes, suggesting that interactions between TFIIIC and the centromere may be important in the 3D organization of the nucleus.
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