Studying bacterial transcriptomes using RNA-seq.
Studying bacterial transcriptomes using RNA-seq.
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DOI：
10.1016/j.mib.2010.09.009
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发表时间：
2010-10
影响因子：
5.4
通讯作者：
Thomson, Nicholas R.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Croucher, Nicholas J.;Thomson, Nicholas R.
细菌基因表达的全基因组研究正从微阵列技术转向第二代测序平台。与基于杂交的技术相比，RNA-seq具有许多优势，例如不依赖于注释的转录检测、更高的灵敏度和更大的动态范围。早期的研究已经发现了大量新的编码序列和非编码RNA，并揭示了越来越多地反映真核生物的转录景观。基本的RNA-seq协议已经得到了改进，并适应于观察RNA生物学的特定方面，通常侧重于非编码RNA，并且对当前技术的进一步改进将提高我们对基因表达和基因组内容的理解。
Genome-wide studies of bacterial gene expression are shifting from microarray technology to second generation sequencing platforms. RNA-seq has a number of advantages over hybridization-based techniques, such as annotation-independent detection of transcription, improved sensitivity and increased dynamic range. Early studies have uncovered a wealth of novel coding sequences and non-coding RNA, and are revealing a transcriptional landscape that increasingly mirrors that of eukaryotes. Already basic RNA-seq protocols have been improved and adapted to looking at particular aspects of RNA biology, often with an emphasis on non-coding RNAs, and further refinements to current techniques will improve our understanding of gene expression, and genome content, in the future.
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影响因子：
14.9
作者：
Hansen KD;Brenner SE;Dudoit S
通讯作者：
Dudoit S
BAMVIEW：在参考序列的上下文中查看映射的读取对齐数据。
影响因子：
5.8
作者：
Carver, Tim;Bohme, Ulrike;Otto, Thomas D.;Parkhill, Julian;Berriman, Matthew
通讯作者：
Berriman, Matthew
影响因子：
48
作者：
Cloonan, Nicole;Forrest, Alistair R. R.;Grimmond, Sean M.
通讯作者：
Grimmond, Sean M.
影响因子：
7
作者：
Li, Heng;Ruan, Jue;Durbin, Richard
通讯作者：
Durbin, Richard
DOI：
10.1126/science.1163853
发表时间：
2008-12-19
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
He Y;Vogelstein B;Velculescu VE;Papadopoulos N;Kinzler KW
通讯作者：
Kinzler KW