The antisense transcriptomes of human cells.
The antisense transcriptomes of human cells.
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DOI：
10.1126/science.1163853
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发表时间：
2008-12-19
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kinzler KW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
He Y;Vogelstein B;Velculescu VE;Papadopoulos N;Kinzler KW
哺乳动物细胞中的转录可以在全基因组水平上进行评估，但很难可靠地确定单个转录物是来自染色体的正链还是负链。这种区别对于理解已知转录本（有义）和可能调节它们的互补反义转录本之间的关系至关重要。在这里，我们描述了一种技术，可用于 (i) 识别任何特定 RNA 转录本的 DNA 链起源，以及 (ii) 在全局水平上量化表达基因的有义和反义转录本的数量。我们检查了五种不同的人类细胞类型，并在每种情况下都在 2900 至 6400 个人类基因中发现了反义转录物的证据。反义转录本的分布与有义转录本的分布不同，在整个基因组中是非随机的，并且在细胞类型之间也不同。因此，反义转录物似乎是人类细胞的普遍特征，表明它们是基因调控的基本组成部分。
Transcription in mammalian cells can be assessed at a genome-wide level, but it has been difficult to reliably determine whether individual transcripts are derived from the Plus- or Minus-strands of chromosomes. This distinction can be critical for understanding the relationship between known transcripts (sense) and the complementary antisense transcripts that may regulate them. Here we describe a technique that can be used to (i) identify the DNA strand of origin for any particular RNA transcript and (ii) quantify the number of sense and antisense transcripts from expressed genes at a global level. We examined five different human cell types and in each case found evidence for antisense transcripts in 2900 to 6400 human genes. The distribution of antisense transcripts was distinct from that of sense transcripts, was non-random across the genome, and differed among cell types. Antisense transcripts thus appear to be a pervasive feature of human cells, suggesting that they are a fundamental component of gene regulation.
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Velculescu, VE;Zhang, L;Kinzler, KW
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Kinzler, KW
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