QuimP: analyzing transmembrane signalling in highly deformable cells.
QuimP: analyzing transmembrane signalling in highly deformable cells.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bty169
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发表时间：
2018-08-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Bretschneider T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Baniukiewicz P;Collier S;Bretschneider T
跨膜信号传导起着重要的生理作用，G蛋白偶联的细胞表面受体是特别重要的治疗靶点。荧光蛋白被广泛用于研究信号传导，但图像时间序列的分析可能具有挑战性，特别是当细胞改变形状时。QuimP软件以高空间分辨率半自动跟踪细胞膜上荧光的时空模式。这使得它成为研究跨膜信号传导的独特工具，特别是在免疫细胞或癌细胞的细胞迁移过程中。QuimP（http：//warwick.ac.uk/quimp）是一组用于Fiji/ImageJ（http：//www.example.com）的Java插件，可通过Fiji Updater（http：//warwick.ac.uk/quimp/wiki-pages/installation）安装。fiji.sc它与Mac、Windows和Unix操作系统兼容，需要ImageJ和Java 8的版本>1.45。QuimP在学术许可下以开源形式发布（https：//github.com/CellDynamics/QuimP）。 补充数据可在Bioinformatics在线获得。
Transmembrane signalling plays important physiological roles, with G protein-coupled cell surface receptors being particularly important therapeutic targets. Fluorescent proteins are widely used to study signalling, but analyses of image time series can be challenging, in particular when cells change shape. QuimP software semi-automatically tracks spatio-temporal patterns of fluorescence at the cell membrane at high spatial resolution. This makes it a unique tool for studying transmembrane signalling, particularly during cell migration in immune or cancer cells for example. QuimP (http://warwick.ac.uk/quimp) is a set of Java plugins for Fiji/ImageJ (http://fiji.sc) installable through the Fiji Updater (http://warwick.ac.uk/quimp/wiki-pages/installation). It is compatible with Mac, Windows and Unix operating systems, requiring version >1.45 of ImageJ and Java 8. QuimP is released as open source (https://github.com/CellDynamics/QuimP) under an academic licence. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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用于定量细胞迁移，突起和荧光强度的开源软件。
DOI：
10.1083/jcb.201501081
发表时间：
2015-04-13
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
Barry DJ;Durkin CH;Abella JV;Way M
通讯作者：
Way M
基于图像的BLEB站点选择的建模。
影响因子：
4.6
作者：
Collier S;Paschke P;Kay RR;Bretschneider T
通讯作者：
Bretschneider T
影响因子：
3.3
作者：
Johnson GR;Buck TE;Sullivan DP;Rohde GK;Murphy RF
通讯作者：
Murphy RF
影响因子：
5.8
作者：
Arganda-Carreras, Ignacio;Kaynig, Verena;Seung, H. Sebastian
通讯作者：
Seung, H. Sebastian
影响因子：
2.5
作者：
Hermans, Thomas M.;Pilans, Didzis;Grzybowski, Bartosz A.
通讯作者：
Grzybowski, Bartosz A.