Label free cell-tracking and division detection based on 2D time-lapse images for lineage analysis of early embryo development.
Label free cell-tracking and division detection based on 2D time-lapse images for lineage analysis of early embryo development.
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DOI：
10.1016/j.compbiomed.2014.04.011
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发表时间：
2014-08
影响因子：
7.7
通讯作者：
Geiger, Davi
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cicconet, Marcelo;Gutwein, Michelle;Gunsalus, Kristin C.;Geiger, Davi
在这篇文章中，我们报告了一个数据库和一系列与跟踪哺乳动物胚胎的细胞并检测其分裂的问题有关的技术。我们的贡献是：(1)计数井中胚胎的方法，并将每个胚胎跨帧裁剪，以创建用于细胞跟踪的单独电影；(2)可工作到8细胞阶段的半自动细胞跟踪方法，以及可供公众使用的软件实现(该软件用于建立报告的数据库)；(3)基于使用小波捕获的镜像对称系数的直方图，自动跟踪到4细胞阶段的算法；(4)细胞跟踪数据库，包含100个带注释的哺乳动物胚胎到8细胞阶段的示例；(5)对由这些实例得到的各种时序分布进行统计分析。
In this paper we report a database and a series of techniques related to the problem of tracking cells, and detecting their divisions, in time-lapse movies of mammalian embryos. Our contributions are: (1) a method for counting embryos in a well, and cropping each individual embryo across frames, to create individual movies for cell tracking; (2) a semi-automated method for cell tracking that works up to the 8-cell stage, along with a software implementation available to the public (this software was used to build the reported database); (3) an algorithm for automatic tracking up to the 4-cell stage, based on histograms of mirror symmetry coefficients captured using wavelets; (4) a cell-tracking database containing 100 annotated examples of mammalian embryos up to the 8-cell stage; (5) statistical analysis of various timing distributions obtained from those examples.
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