Rapid dynamic changes of FL.2 variant: A case report of COVID-19 breakthrough infection.
Rapid dynamic changes of FL.2 variant: A case report of COVID-19 breakthrough infection.
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DOI：
10.1016/j.ijid.2023.11.011
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发表时间：
2024-01
影响因子：
8.4
通讯作者：
Moyo, Sikhulile
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Choga, Wonderful T.;Kurusa (Gasenna), Gobuiwang Khilly;San, James Emmanuel;Ookame, Tidimalo;Gobe, Irene;Chand, Mohammed;Phafane, Badisa;Seru, Kedumetse;Matshosi, Patience;Zuze, Boitumelo;Ndlovu, Nokuthula;Matsuru, Teko;Maruapula, Dorcas;Bareng, Ontlametse T.;Macheke, Kutlo;Kuate-Lere, Lesego;Tlale, Labapotswe;Lesetedi, Onalethata;Tau, Modiri;Mbulawa, Mpaphi B.;Smith-Lawrence, Pamela;Matshaba, Mogomotsi;Shapiro, Roger;Makhema, Joseph;Martin, Darren P.;de Oliveira, Tulio;Lessells, Richard J.;Lockman, Shahin;Gaseitsiwe, Simani;Moyo, Sikhulile
我们观察到快速的宿主内进化的致命的情况下，Omicron FL.2。观察到的低频率SARS-CoV-2突变表明宿主内病毒进化。刺突蛋白的突变在相隔13天的两个时间点之间不同。我们使用两株SARS-CoV-2分离株研究了宿主内遗传进化，这两株分离株来自一名完全接种疫苗（初始接种计划x2剂阿斯利康加一剂辉瑞）的>70岁女性，该女性有淋巴瘤和高血压病史，在因COVID-19死亡前3周出现SARS-CoV-2感染。从相隔13天采集的样本中确定了两个全基因组序列，两者都属于Pango谱系FL.2：在博茨瓦纳首次检测到这种Omicron亚变体。FL.2是XBB.1.9.1的一个分支。刺突蛋白中的突变和少数变体的库在两个时间点之间不同。值得注意的是，我们还观察到ORF 1a和膜蛋白内的缺失;这两个区域都与高T细胞表位密度相关。免疫抑制个体的内部环境可能加速SARS-CoV-2的进化;因此，需要密切监测。
We observed rapid within-host evolution in the fatal case of Omicron FL.2. Low-frequency SARS-CoV-2 mutations observed indicate within-host viral evolution. Mutations in the Spike protein differed between two time points thirteen days apart. We investigated intra-host genetic evolution using two SARS-CoV-2 isolates from a fully vaccinated (primary schedule x2 doses of AstraZeneca plus a booster of Pfizer), >70-year-old woman with a history of lymphoma and hypertension who presented a SARS-CoV-2 infection for 3 weeks prior to death due to COVID-19. Two full genome sequences were determined from samples taken 13 days apart with both belonging to Pango lineage FL.2: the first detection of this Omicron sub-variant in Botswana. FL.2 is a sub-lineage of XBB.1.9.1. The repertoire of mutations and minority variants in the Spike protein differed between the two time points. Notably, we also observed deletions within the ORF1a and Membrane proteins; both regions are associated with high T-cell epitope density. The internal milieu of immune-suppressed individuals may accelerate SARS-CoV-2 evolution; hence, close monitoring is warranted.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bty695
发表时间：
2019-03-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Vilsker M;Moosa Y;Nooij S;Fonseca V;Ghysens Y;Dumon K;Pauwels R;Alcantara LC;Vanden Eynden E;Vandamme AM;Deforche K;de Oliveira T
通讯作者：
de Oliveira T
“在急诊科呈现CoVID-19感染的成年癌症患者中的院内死亡率的预测指标：一项回顾性研究”。
影响因子：
3.7
作者：
El Majzoub, Imad;Kalot, Nour;Khalifeh, Malak;Estelly, Natalie;El Zahran, Tharwat
通讯作者：
El Zahran, Tharwat
影响因子：
39.3
作者：
Ou J;Lan W;Wu X;Zhao T;Duan B;Yang P;Ren Y;Quan L;Zhao W;Seto D;Chodosh J;Luo Z;Wu J;Zhang Q
通讯作者：
Zhang Q
影响因子：
3.7
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1016/j.gpb.2022.01.001
发表时间：
2022-03
期刊：
Genomics, proteomics & bioinformatics
影响因子：
--
作者：
Ma W;Yang J;Fu H;Su C;Yu C;Wang Q;de Vasconcelos ATR;Bazykin GA;Bao Y;Li M
通讯作者：
Li M