BEAST 2: a software platform for Bayesian evolutionary analysis.
BEAST 2: a software platform for Bayesian evolutionary analysis.
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DOI：
10.1371/journal.pcbi.1003537
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发表时间：
2014-04
影响因子：
4.3
通讯作者：
Drummond AJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bouckaert R;Heled J;Kühnert D;Vaughan T;Wu CH;Xie D;Suchard MA;Rambaut A;Drummond AJ
我们提出了一种新的开源、可扩展且灵活的贝叶斯进化分析软件平台，称为 BEAST 2。该软件平台是对流行的 BEAST 1 平台的重新设计，以纠正随着 BEAST 1 软件的发展而变得明显的结构缺陷。这些缺陷中的关键是缺乏部署后的可扩展性。 BEAST 2 现在拥有一个完全开发的包管理系统，允许第三方开发人员编写附加功能，这些功能可以通过包管理器直接安装到 BEAST 2 分析平台，而无需发布新的平台软件。该软件包架构通过许多最近发布的新模型进行展示，包括出生死亡采样树先验、系统动力学以及替代模型和位点分区的模型平均。第二个主要改进是能够从磁盘读取/写入 MCMC 链的整个状态，从而使其可以在 BEAST 软件的多个实例之间轻松共享。这有利于检查点并更好地支持多处理器和高端计算扩展。最后，新软件包中的功能可以通过简单的基于 XML 模板的机制轻松添加到用户界面 (BEAUti 2)，因为 BEAST 2 已经过重新设计，可以在分析引擎和用户界面之间提供更大的集成，例如 BEAST 和 BEAUti 使用完全相同的 XML 文件格式。
We present a new open source, extensible and flexible software platform for Bayesian evolutionary analysis called BEAST 2. This software platform is a re-design of the popular BEAST 1 platform to correct structural deficiencies that became evident as the BEAST 1 software evolved. Key among those deficiencies was the lack of post-deployment extensibility. BEAST 2 now has a fully developed package management system that allows third party developers to write additional functionality that can be directly installed to the BEAST 2 analysis platform via a package manager without requiring a new software release of the platform. This package architecture is showcased with a number of recently published new models encompassing birth-death-sampling tree priors, phylodynamics and model averaging for substitution models and site partitioning. A second major improvement is the ability to read/write the entire state of the MCMC chain to/from disk allowing it to be easily shared between multiple instances of the BEAST software. This facilitates checkpointing and better support for multi-processor and high-end computing extensions. Finally, the functionality in new packages can be easily added to the user interface (BEAUti 2) by a simple XML template-based mechanism because BEAST 2 has been re-designed to provide greater integration between the analysis engine and the user interface so that, for example BEAST and BEAUti use exactly the same XML file format.
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DOI：
10.1073/pnas.1207965110
发表时间：
2013-01-02
影响因子：
11.1
作者：
Stadler, Tanja;Kuehnert, Denise;Drummond, Alexei J.
通讯作者：
Drummond, Alexei J.
影响因子：
3.4
作者：
Heled, Joseph;Drummond, Alexei J.
通讯作者：
Drummond, Alexei J.
影响因子：
10.7
作者：
TAMURA, K;NEI, M
通讯作者：
NEI, M
影响因子：
9.8
作者：
Drummond AJ;Ho SY;Phillips MJ;Rambaut A
通讯作者：
Rambaut A
影响因子：
4.3
作者：
Lemey P;Rambaut A;Drummond AJ;Suchard MA
通讯作者：
Suchard MA