Comparative analysis of binding patterns of MADS-domain proteins in Arabidopsis thaliana.
Comparative analysis of binding patterns of MADS-domain proteins in Arabidopsis thaliana.
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拟南芥中疯狂域蛋白的结合模式的比较分析。
DOI：
10.1186/s12870-018-1348-8
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发表时间：
2018-06-25
影响因子：
5.3
通讯作者：
van Dijk ADJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Aerts N;de Bruijn S;van Mourik H;Angenent GC;van Dijk ADJ
正确的花形成需要高度特异性的基因表达的时间和空间调控。在拟南芥中，大多数决定花器官身份的主调节因子属于MADS结构域转录因子家族。该转录因子家族的典型DNA结合基序是CArG盒，其具有共有CC（A/T）6 GG。然而，到目前为止，MADS结构域结合模式的全面分析尚未进行。分析了八个公开可用的调节花转变和花形成的MADS结构域蛋白的ChIP-seq数据集。令人惊讶的是，每种蛋白质的优选DNA结合基序是具有NAA延伸的CArG盒。此外，在MADS结构域转录因子的结合位点附近发现了其他转录因子的基序，这表明MADS结构域蛋白与其他转录因子的相互作用对于靶基因的调控是重要的。最后，保守的拟南芥生态型之间的CARG盒进行了评估，以获得有关其进化的重要性。完全匹配的CArG盒比其他CArG盒更保守，这表明完美的CArG盒比其他CArG盒变体在进化上更重要。我们的分析提供了详细的了解MADS结构域蛋白结合模式。这些结果强调了CARG盒的扩展版本的重要性，并提供了拟南芥生态型中MADS结构域蛋白结合位点进化保守的第一个观点。本文的在线版本（10.1186/s12870-018-1348-8）包含补充材料，可供授权用户使用。
Correct flower formation requires highly specific temporal and spatial regulation of gene expression. In Arabidopsis thaliana the majority of the master regulators that determine flower organ identity belong to the MADS-domain transcription factor family. The canonical DNA binding motif for this transcription factor family is the CArG-box, which has the consensus CC(A/T)6GG. However, so far, a comprehensive analysis of MADS-domain binding patterns has not yet been performed. Eight publicly available ChIP-seq datasets of MADS-domain proteins that regulate the floral transition and flower formation were analyzed. Surprisingly, the preferred DNA binding motif of each protein was a CArG-box with an NAA extension. Furthermore, motifs of other transcription factors were found in the vicinity of binding sites of MADS-domain transcription factors, suggesting that interaction of MADS-domain proteins with other transcription factors is important for target gene regulation. Finally, conservation of CArG-boxes between Arabidopsis ecotypes was assessed to obtain information about their evolutionary importance. CArG-boxes that fully matched the consensus were more conserved than other CArG-boxes, suggesting that the perfect CArG-box is evolutionary more important than other CArG-box variants. Our analysis provides detailed insight into MADS-domain protein binding patterns. The results underline the importance of an extended version of the CArG-box and provide a first view on evolutionary conservation of MADS-domain protein binding sites in Arabidopsis ecotypes. The online version of this article (10.1186/s12870-018-1348-8) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr064
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Grant CE;Bailey TL;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
影响因子：
14.9
作者：
Muiño JM;Hoogstraat M;van Ham RC;van Dijk AD
通讯作者：
van Dijk AD
OsMADS57 和 OsTB1 之间的相互作用通过 DWARF14 调节水稻分蘖
影响因子：
16.6
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1073/pnas.1316278111
发表时间：
2014-02-11
影响因子：
11.1
作者：
Franco-Zorrilla, Jose M.;Lopez-Vidriero, Irene;Solano, Roberto
通讯作者：
Solano, Roberto
影响因子：
7.4
作者：
Immink, Richard G. H.;Pose, David;Angenent, Gerco C.
通讯作者：
Angenent, Gerco C.