MS-GF+ makes progress towards a universal database search tool for proteomics.
MS-GF+ makes progress towards a universal database search tool for proteomics.
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DOI：
10.1038/ncomms6277
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发表时间：
2014-10-31
影响因子：
16.6
通讯作者：
Pevzner, Pavel A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kim, Sangtae;Pevzner, Pavel A.
质谱（MS）仪器和实验方案正在迅速发展，但分析串联质谱的软件工具却落后了。我们提出了一个数据库搜索工具MS-GF+，它是敏感的（它识别更多的肽比大多数其他数据库搜索工具）和通用的（它适用于不同类型的光谱，不同配置的MS仪器和不同的实验方案）。我们使用不同的光谱数据集对MS-GF+进行基准测试：（i）不同片段化方法的光谱;（ii）多种酶的光谱;（iii）磷酸化肽的光谱;（iv）由新型α-裂解蛋白酶产生的具有不寻常片段化倾向的肽的光谱。对于所有这些数据集，与常用的肽鉴定方法相比，MS-GF+显著增加了鉴定的肽的数量。我们强调，虽然MS-GF+不是专门为任何特定的实验设置而设计的，但它提高了专门为这些应用设计的工具的性能（例如，磷酸化蛋白质组学的专门工具）。
Mass spectrometry (MS) instruments and experimental protocols are rapidly advancing, but the software tools to analyze tandem mass spectra are lagging behind. We present a database search tool MS-GF+ that is sensitive (it identifies more peptides than most other database search tools) and universal (it works well for diverse types of spectra, different configurations of MS instruments and different experimental protocols). We benchmark MS-GF+ using diverse spectral datasets: (i) spectra of varying fragmentation methods; (ii) spectra of multiple enzyme digests; (iii) spectra of phosphorylated peptides; (iv) spectra of peptides with unusual fragmentation propensities produced by a novel alpha-lytic protease. For all these datasets, MS-GF+ significantly increases the number of identified peptides compared to commonly used methods for peptide identifications. We emphasize that while MS-GF+ is not specifically designed for any particular experimental set-up, it improves upon the performance of tools specifically designed for these applications (e.g., specialized tools for phosphoproteomics).
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影响因子：
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作者：
Granholm, Viktor;Noble, William Stafford;Kall, Lukas
通讯作者：
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Deutsch, Eric W.;Mendoza, Luis;Shteynberg, David;Farrah, Terry;Lam, Henry;Tasman, Natalie;Sun, Zhi;Nilsson, Erik;Pratt, Brian;Prazen, Bryan;Eng, Jimmy K.;Martin, Daniel B.;Nesvizhskii, Alexey I.;Aebersold, Ruedi
通讯作者：
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4.4
作者：
Dresang LR;Teuton JR;Feng H;Jacobs JM;Camp DG 2nd;Purvine SO;Gritsenko MA;Li Z;Smith RD;Sugden B;Moore PS;Chang Y
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作者：
Huttlin EL;Jedrychowski MP;Elias JE;Goswami T;Rad R;Beausoleil SA;Villén J;Haas W;Sowa ME;Gygi SP
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Griss, Johannes;Reisinger, Florian;Hermjakob, Henning;Vizcaino, Juan Antonio
通讯作者：
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