The small RNA locus map for Chlamydomonas reinhardtii.
The small RNA locus map for Chlamydomonas reinhardtii.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0242516
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Baulcombe DC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Müller SY;Matthews NE;Valli AA;Baulcombe DC
小(S)RNA在真核生物的基因表达调控和基因组稳定性中起着至关重要的作用，它们指导着表观遗传修饰、转录后基因沉默以及对内源和外源病毒的防御。众所周知，莱茵衣藻是一种研究较多的单细胞绿藻物种，具有不同于陆地植物的基于sRNA的机制。然而，对于这种藻类或任何其他藻类，目前还没有对sRNA基因座的定义和进一步的系统分类。在这里，我们使用数据驱动的机器学习方法，包括多重对应分析(MCA)和聚类，生成了一个全面标注和分类的莱茵哈蒂伊SRNA基因座图谱。这张地图显示了高等动植物的一些共同特征，但也揭示了不同的特征。这些结果与藻类从高等植物谱系进化分化后，sRNA机制发生了多样化的观点是一致的。
Small (s)RNAs play crucial roles in the regulation of gene expression and genome stability across eukaryotes where they direct epigenetic modifications, post-transcriptional gene silencing, and defense against both endogenous and exogenous viruses. It is known that Chlamydomonas reinhardtii, a well-studied unicellular green algae species, possesses sRNA-based mechanisms that are distinct from those of land plants. However, definition of sRNA loci and further systematic classification is not yet available for this or any other algae. Here, using data-driven machine learning approaches including Multiple Correspondence Analysis (MCA) and clustering, we have generated a comprehensively annotated and classified sRNA locus map for C. reinhardtii. This map shows some common characteristics with higher plants and animals, but it also reveals distinct features. These results are consistent with the idea that there was diversification in sRNA mechanisms after the evolutionary divergence of algae from higher plant lineages.
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影响因子：
18
作者：
Chung BY;Deery MJ;Groen AJ;Howard J;Baulcombe DC
通讯作者：
Baulcombe DC
影响因子：
5.8
作者：
Hardcastle, Thomas J.;Kelly, Krystyna A.;Baulcombe, David C.
通讯作者：
Baulcombe, David C.
DOI：
10.1038/nrm4085
发表时间：
2015-12
期刊：
Nature reviews. Molecular cell biology
影响因子：
--
作者：
Borges F;Martienssen RA
通讯作者：
Martienssen RA
影响因子：
5.8
作者：
Le, Sebastien;Josse, Julie;Husson, Francois
通讯作者：
Husson, Francois
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y