H3K18ac Primes Mesendodermal Differentiation upon Nodal Signaling
H3K18ac Primes Mesendodermal Differentiation upon Nodal Signaling
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H3K18ac 通过节点信号启动中内胚层分化
DOI：
10.1016/j.stemcr.2019.08.016
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发表时间：
2019-09
影响因子：
5.9
通讯作者：
Xi Qiaoran
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Luo Maoguo;Bai Jianbo;Liu Bofeng;Yan Peiqiang;Zuo Feifei;Sun Hongyao;Sun Ye;Xu Xuanhao;Song Zhihong;Yang Yang;Massague Joan;Lan Xun;Lu Zhi;Chen Ye-Guang;Deng Haiteng;Xie Wei;Xi Qiaoran
细胞对转化生长因子β (TGF-β)的反应取决于细胞环境。在这里，我们探讨了TGF-β/节点信号如何与表观基因组相互作用以促进中胚层分化。我们发现，在胚胎样体（EBs）中，一组中胚层基因的表达依赖于TRIM33和结信号，而在胚胎干细胞（ESCs）中则不依赖。只有在EBs中，TRIM33在扩展的H3K18ac标记存在的情况下结合这些基因。此外，H3K18ac在中胚层基因上的表达促进TRIM33的募集。我们发现HDAC1结合活性基因启动子并干扰TRIM33向中胚层基因启动子的募集。然而，与TRIM33相互作用的蛋白p300沉积H3K18ac，并进一步增强TRIM33的募集。ATAC-seq数据表明，TRIM33通过维持中胚层基因调控区域的染色质可及性来启动中胚层基因的激活。总之，我们的研究表明，HDAC1和p300是通过TRIM33将表观基因组与中胚层分化过程中细胞环境依赖性淋巴结反应联系起来的关键因素。
Cellular responses to transforming growth factor β (TGF-β) depend on cell context. Here, we explored how TGF-β/nodal signaling crosstalks with the epigenome to promote mesendodermal differentiation. We find that expression of a group of mesendodermal genes depends on both TRIM33 and nodal signaling in embryoid bodies (EBs) but not in embryonic stem cells (ESCs). Only in EBs, TRIM33 binds these genes in the presence of expanded H3K18ac marks. Furthermore, the H3K18ac landscape at mesendodermal genes promotes TRIM33 recruitment. We reveal that HDAC1 binds to active gene promoters and interferes with TRIM33 recruitment to mesendodermal gene promoters. However, the TRIM33-interacting protein p300 deposits H3K18ac and further enhances TRIM33 recruitment. ATAC-seq data demonstrate that TRIM33 primes mesendodermal genes for activation by maintaining chromatin accessibility at their regulatory regions. Altogether, our study suggests that HDAC1 and p300 are key factors linking the epigenome through TRIM33 to the cell context-dependent nodal response during mesendodermal differentiation.
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影响因子：
64.5
作者：
Bai X;Kim J;Yang Z;Jurynec MJ;Akie TE;Lee J;LeBlanc J;Sessa A;Jiang H;DiBiase A;Zhou Y;Grunwald DJ;Lin S;Cantor AB;Orkin SH;Zon LI
通讯作者：
Zon LI
影响因子：
64.8
作者：
Heintzman, Nathaniel D.;Hon, Gary C.;Hawkins, R. David;Kheradpour, Pouya;Stark, Alexander;Harp, Lindsey F.;Ye, Zhen;Lee, Leonard K.;Stuart, Rhona K.;Ching, Christina W.;Ching, Keith A.;Antosiewicz-Bourget, Jessica E.;Liu, Hui;Zhang, Xinmin;Green, Roland D.;Lobanenkov, Victor V.;Stewart, Ron;Thomson, James A.;Crawford, Gregory E.;Kellis, Manolis;Ren, Bing
通讯作者：
Ren, Bing
影响因子：
64.8
作者：
Konermann S;Brigham MD;Trevino AE;Joung J;Abudayyeh OO;Barcena C;Hsu PD;Habib N;Gootenberg JS;Nishimasu H;Nureki O;Zhang F
通讯作者：
Zhang F
TGF-β在干细胞生物学中发挥的和声。
影响因子：
23.9
作者：
Oshimori, Naoki;Fuchs, Elaine
通讯作者：
Fuchs, Elaine
影响因子：
64.5
作者：
Mullen AC;Orlando DA;Newman JJ;Lovén J;Kumar RM;Bilodeau S;Reddy J;Guenther MG;DeKoter RP;Young RA
通讯作者：
Young RA