High-resolution sequencing and modeling identifies distinct dynamic RNA regulatory strategies.
High-resolution sequencing and modeling identifies distinct dynamic RNA regulatory strategies.
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DOI：
10.1016/j.cell.2014.11.015
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发表时间：
2014-12-18
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Regev A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rabani M;Raychowdhury R;Jovanovic M;Rooney M;Stumpo DJ;Pauli A;Hacohen N;Schier AF;Blackshear PJ;Friedman N;Amit I;Regev A
细胞通过一种综合的调控策略调节转录、加工和/或降解，从而控制转录水平的动态变化。在这里，我们结合了RNA代谢标记、rRNA耗尽的RNA-seq和一个新的计算框架Drill，以量化在小鼠树突状细胞的内毒素反应过程中，剪接连接分辨率上每个转录物的水平、编辑位置、转录、加工和降解率。由RNA转录变化主导的四种关键调控策略产生了大多数时间基因表达模式。也采用动态转录后调控的非规范策略只控制少数基因，但提供独特的信号处理功能。我们在一个非规范的策略中验证了Tristetraprolin(TTP)作为RNA降解的主要调节因子。将Drill应用于非编码RNA的调控和斑马鱼胚胎发育，显示了其广泛的用途。我们的研究为利用RNA-Seq数据发现转录和转录后事件提供了一种新的定量方法，这些事件控制转录水平的动态变化。
Cells control dynamic transitions in transcript levels by regulating transcription, processing and/or degradation through an integrated regulatory strategy. Here, we combine RNA metabolic labeling, rRNA-depleted RNA-seq, and DRiLL, a novel computational framework, to quantify the level, editing sites, and transcription, processing and degradation rates of each transcript at a splice junction resolution during the LPS response of mouse dendritic cells. Four key regulatory strategies, dominated by RNA transcription changes, generate most temporal gene expression patterns. Non-canonical strategies that also employ dynamic posttranscriptional regulation control only a minority of genes, but provide unique signal processing features. We validate Tristetraprolin (TTP) as a major regulator of RNA degradation in one non-canonical strategy. Applying DRiLL to the regulation of non-coding RNAs and to zebrafish embryogenesis demonstrates its broad utility. Our study provides a new quantitative approach to discover transcriptional and post-transcriptional events that control dynamic changes in transcript levels using RNA-Seq data.
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影响因子：
48
作者：
Katz, Yarden;Wang, Eric T.;Airoldi, Edoardo M.;Burge, Christopher B.
通讯作者：
Burge, Christopher B.
影响因子：
64.5
作者：
Hafner M;Landthaler M;Burger L;Khorshid M;Hausser J;Berninger P;Rothballer A;Ascano M Jr;Jungkamp AC;Munschauer M;Ulrich A;Wardle GS;Dewell S;Zavolan M;Tuschl T
通讯作者：
Tuschl T
DOI：
10.1126/science.1179050
发表时间：
2009-10-09
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Amit I;Garber M;Chevrier N;Leite AP;Donner Y;Eisenhaure T;Guttman M;Grenier JK;Li W;Zuk O;Schubert LA;Birditt B;Shay T;Goren A;Zhang X;Smith Z;Deering R;McDonald RC;Cabili M;Bernstein BE;Rinn JL;Meissner A;Root DE;Hacohen N;Regev A
通讯作者：
Regev A
影响因子：
56.9
作者：
Carninci, P;Kasukawa, T;Hayashizaki, Y
通讯作者：
Hayashizaki, Y
DOI：
10.1126/science.1240925
发表时间：
2013-08-16
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Carpenter S;Aiello D;Atianand MK;Ricci EP;Gandhi P;Hall LL;Byron M;Monks B;Henry-Bezy M;Lawrence JB;O'Neill LA;Moore MJ;Caffrey DR;Fitzgerald KA
通讯作者：
Fitzgerald KA