The antiSMASH database version 3: increased taxonomic coverage and new query features for modular enzymes.
The antiSMASH database version 3: increased taxonomic coverage and new query features for modular enzymes.
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DOI：
10.1093/nar/gkaa978
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发表时间：
2021-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Weber T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Blin K;Shaw S;Kautsar SA;Medema MH;Weber T
微生物产生的天然产物经常用于开发抗菌、抗病毒和抗癌药物、杀虫剂、除草剂或杀真菌剂。近年来，基因组挖掘已经发展成为一种重要的方法来获得这种潜力。antiSMASH是执行此任务最常用的工具之一。在这里，我们提出了第3版的antiSMASH数据库，提供了一种方法来访问和查询预先计算的antiSMASH-5.2检测的生物合成基因簇从代表性的，公开的，高质量的微生物基因组通过交互式图形用户界面。在第3版中，该数据库包含来自388个古细菌、25236个细菌和177个真菌基因组的147517个高质量BGC区域，可在https://antismash-db.secondarymetabolites.org/上获得。antiSMASH数据库更新到第3版，现在包含147 517个次级/专门代谢物生物合成基因簇（BGC），来自25 236个细菌，388个古细菌和177个真菌基因组。该数据库提供了对使用最新版本的antiSMASH（v5.2）生成的每个BGC的详细注释的交互式访问。
Microorganisms produce natural products that are frequently used in the development of antibacterial, antiviral, and anticancer drugs, pesticides, herbicides, or fungicides. In recent years, genome mining has evolved into a prominent method to access this potential. antiSMASH is one of the most popular tools for this task. Here, we present version 3 of the antiSMASH database, providing a means to access and query precomputed antiSMASH-5.2-detected biosynthetic gene clusters from representative, publicly available, high-quality microbial genomes via an interactive graphical user interface. In version 3, the database contains 147 517 high quality BGC regions from 388 archaeal, 25 236 bacterial and 177 fungal genomes and is available at https://antismash-db.secondarymetabolites.org/. The antiSMASH database was updated to version 3, now containing 147 517 secondary/specialized metabolite biosynthetic gene clusters (BGCs) originating from 25 236 bacterial, 388 archaeal and 177 fungal genomes. The database provides interactive access to the detailed annotation of each BGC that was generated with the most recent version of antiSMASH (v5.2).
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