The Biological Reference Repository (BioR): a rapid and flexible system for genomics annotation.
The Biological Reference Repository (BioR): a rapid and flexible system for genomics annotation.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu137
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发表时间：
2014-07-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Dinu V
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kocher JP;Quest DJ;Duffy P;Meiners MA;Moore RM;Rider D;Hossain A;Hart SN;Dinu V
动机：生物参考库（BioR）是一个注释变体的工具包。 BioR将公共和用户特定的注释源存储在索引的JSON编码的平面文件（目录）中。BioR工具包提供了通过命令行界面从这些目录中联合收割机和检索注释的功能。提供了来自常用注释源的几个星表和创建用户特定星表的说明。工具包中的命令可以与其他UNIX命令结合使用，以进行高级注释处理。我们还提供了开发自定义注释管道的说明。可用性和实现：该软件包是用Java实现的，并使用了用Java和Perl编写的外部工具。该工具包可以在Mac OS X 10.5及更高版本或任何Linux发行版上执行。BioR应用程序、快速入门和用户指南文档以及许多生物学示例可在http://bioinformaticstools.mayo.edu上获得。联系人：Kocher. mayo.edu补充信息：补充数据可在生物信息学在线获得。
Motivation: The Biological Reference Repository (BioR) is a toolkit for annotating variants. BioR stores public and user-specific annotation sources in indexed JSON-encoded flat files (catalogs). The BioR toolkit provides the functionality to combine and retrieve annotation from these catalogs via the command-line interface. Several catalogs from commonly used annotation sources and instructions for creating user-specific catalogs are provided. Commands from the toolkit can be combined with other UNIX commands for advanced annotation processing. We also provide instructions for the development of custom annotation pipelines. Availability and implementation: The package is implemented in Java and makes use of external tools written in Java and Perl. The toolkit can be executed on Mac OS X 10.5 and above or any Linux distribution. The BioR application, quickstart, and user guide documents and many biological examples are available at http://bioinformaticstools.mayo.edu. Contact: Kocher.JeanPierre@mayo.edu Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr612
发表时间：
2012-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Asmann YW;Middha S;Hossain A;Baheti S;Li Y;Chai HS;Sun Z;Duffy PH;Hadad AA;Nair A;Liu X;Zhang Y;Klee EW;Kalari KR;Kocher JP
通讯作者：
Kocher JP
影响因子：
1.2
作者：
Cingolani, Pablo;Platts, Adrian;Ruden, Douglas M.
通讯作者：
Ruden, Douglas M.
影响因子：
14.9
作者：
Wang K;Li M;Hakonarson H
通讯作者：
Hakonarson H
影响因子：
5.8
作者：
Danecek, Petr;Auton, Adam;Durbin, Richard
通讯作者：
Durbin, Richard
影响因子：
4.3
作者：
Paila U;Chapman BA;Kirchner R;Quinlan AR
通讯作者：
Quinlan AR