iPARTS: an improved tool of pairwise alignment of RNA tertiary structures.
iPARTS: an improved tool of pairwise alignment of RNA tertiary structures.
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DOI：
10.1093/nar/gkq483
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发表时间：
2010-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lu CL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang CW;Chen KT;Lu CL
iPARTS是一种改进的Web服务器，用于基于结构字母表（SA）的方法对齐两个RNA 3D结构。特别地，我们首先通过使用它们的两个伪扭转角η和θ在2D轴上绘制核苷酸来推导RNA的Ramachandran样图。接下来，我们将亲和传播聚类算法应用于该η-θ图以获得23-nt构象的SA。最后，我们使用该SA将RNA的3D结构转换为SA字母的1D序列，并继续利用经典的序列比对方法来比较这些1D SA编码的序列，并确定它们的结构相似性。iPARTS将PDB格式的两个RNA 3D结构作为输入，并输出其全局比对（用于确定整体结构相似性），半重复比对（用于检测结构基序或子结构），局部比对（用于寻找局部相似的子结构）和归一化的局部结构对齐（用于识别更相似的局部子结构，而没有不相似的内部片段），具有允许用户可视地查看的图形显示，旋转并放大对齐的RNA 3D结构的叠加。iPARTS现在可在www.example.com上在线获得。
iPARTS is an improved web server for aligning two RNA 3D structures based on a structural alphabet (SA)-based approach. In particular, we first derive a Ramachandran-like diagram of RNAs by plotting nucleotides on a 2D axis using their two pseudo-torsion angles η and θ. Next, we apply the affinity propagation clustering algorithm to this η-θ plot to obtain an SA of 23-nt conformations. We finally use this SA to transform RNA 3D structures into 1D sequences of SA letters and continue to utilize classical sequence alignment methods to compare these 1D SA-encoded sequences and determine their structural similarities. iPARTS takes as input two RNA 3D structures in the PDB format and outputs their global alignment (for determining overall structural similarity), semiglobal alignments (for detecting structural motifs or substructures), local alignments (for finding locally similar substructures) and normalized local structural alignments (for identifying more similar local substructures without non-similar internal fragments), with graphical display that allows the user to visually view, rotate and enlarge the superposition of aligned RNA 3D structures. iPARTS is now available online at http://bioalgorithm.life.nctu.edu.tw/iPARTS/.
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DOI：
10.1073/pnas.89.22.10915
发表时间：
1992-11-15
影响因子：
11.1
作者：
HENIKOFF, S;HENIKOFF, JG
通讯作者：
HENIKOFF, JG
影响因子：
5.8
作者：
Dror, O;Nussinov, R;Wolfson, H
通讯作者：
Wolfson, H
影响因子：
14.9
作者：
Tamura, M;Hendrix, DK;Holbrook, SR
通讯作者：
Holbrook, SR
影响因子：
4.5
作者：
Richardson, Jane S.;Schneider, Bohdan;Berman, Helen M.
通讯作者：
Berman, Helen M.
DOI：
10.1073/pnas.0404383101
发表时间：
2004-08-17
影响因子：
11.1
作者：
Kolodny, R;Linial, N
通讯作者：
Linial, N