The UEA sRNA workbench: a suite of tools for analysing and visualizing next generation sequencing microRNA and small RNA datasets.
The UEA sRNA workbench: a suite of tools for analysing and visualizing next generation sequencing microRNA and small RNA datasets.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bts311
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发表时间：
2012-08-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Moulton V
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stocks MB;Moxon S;Mapleson D;Woolfenden HC;Mohorianu I;Folkes L;Schwach F;Dalmay T;Moulton V
摘要：RNA沉默是一种复杂的、高度保守的机制，由小RNA （sRNAs）介导，如microRNAs (miRNAs)，已知其参与多种生物学功能，包括发育、病原体控制、基因组维持和对环境变化的反应。下一代测序技术的进步使得每个样本的sRNA读取量越来越大，而成本只是以前方法的一小部分。然而，许多生物信息学工具不能相应地扩展，很麻烦，或者需要生物信息学专家的广泛支持。因此，研究人员需要用户友好的、强大的工具，不仅能够在合理的时间框架内处理大型sRNA数据集，而且能够以直观的方式呈现结果并可视化sRNA基因组特征。在这里，我们介绍了UEA sRNA工作台，这是一套工具，它是基于web的UEA sRNA工具包的继承者，但以可下载的格式提供，并具有一些增强的和额外的功能。可用性：程序和帮助页面可在http://srna-workbench.cmp.uea.ac.uk上获得。联系人:vincent.moulton@cmp.uea.ac.uk
Summary: RNA silencing is a complex, highly conserved mechanism mediated by small RNAs (sRNAs), such as microRNAs (miRNAs), that is known to be involved in a diverse set of biological functions including development, pathogen control, genome maintenance and response to environmental change. Advances in next generation sequencing technologies are producing increasingly large numbers of sRNA reads per sample at a fraction of the cost of previous methods. However, many bioinformatics tools do not scale accordingly, are cumbersome, or require extensive support from bioinformatics experts. Therefore, researchers need user-friendly, robust tools, capable of not only processing large sRNA datasets in a reasonable time frame but also presenting the results in an intuitive fashion and visualizing sRNA genomic features. Herein, we present the UEA sRNA workbench, a suite of tools that is a successor to the web-based UEA sRNA Toolkit, but in downloadable format and with several enhanced and additional features. Availability: The program and help pages are available at http://srna-workbench.cmp.uea.ac.uk. Contact: vincent.moulton@cmp.uea.ac.uk
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影响因子：
1.8
作者：
HOFACKER, IL;FONTANA, W;SCHUSTER, P
通讯作者：
SCHUSTER, P
DOI：
10.1073/pnas.0611119104
发表时间：
2007-02-27
影响因子：
11.1
作者：
Chen, Ho-Ming;Li, Yi-Hang;Wu, Shu-Hsing
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Wu, Shu-Hsing
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--
作者：
Griffiths-Jones, Sam
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Griffiths-Jones, Sam
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通讯作者：
Moulton, Vincent