JBrowse Jupyter: a Python interface to JBrowse 2.
JBrowse Jupyter: a Python interface to JBrowse 2.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btad032
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发表时间：
2023-01-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
JBrowse Jupyter 是一个旨在缩小 Python 编程和基因组可视化之间差距的软件包。基于网络的基因组浏览器通常用于发布和检查基因组注释。从历史上看，它们被部署在生物信息学管道的末端，通常与分析本身分离。然而，Jupyter Notebook 等新兴技术可以实现更快速的开发、分析和可视化迭代周期。我们开发了一个包，为 JBrowse 2 的可嵌入组件套件（包括主要的线性基因组视图）提供 Python 接口。该软件包使用户能够从 Jupyter 笔记本快速设置、启动和自定义 JBrowse 视图。此外，用户还可以通过 Google 的 Colab 笔记本共享数据，提供可重复的交互式视图。 JBrowse Jupyter 根据 Apache 许可证发布，可在 PyPI 上下载。源代码和演示可在 GitHub 上获取：https://github.com/GMOD/jbrowse-jupyter。
JBrowse Jupyter is a package that aims to close the gap between Python programming and genomic visualization. Web-based genome browsers are routinely used for publishing and inspecting genome annotations. Historically they have been deployed at the end of bioinformatics pipelines, typically decoupled from the analysis itself. However, emerging technologies such as Jupyter notebooks enable a more rapid iterative cycle of development, analysis and visualization. We have developed a package that provides a Python interface to JBrowse 2’s suite of embeddable components, including the primary Linear Genome View. The package enables users to quickly set up, launch and customize JBrowse views from Jupyter notebooks. In addition, users can share their data via Google’s Colab notebooks, providing reproducible interactive views. JBrowse Jupyter is released under the Apache License and is available for download on PyPI. Source code and demos are available on GitHub at https://github.com/GMOD/jbrowse-jupyter.
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Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp163
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cock PJ;Antao T;Chang JT;Chapman BA;Cox CJ;Dalke A;Friedberg I;Hamelryck T;Kauff F;Wilczynski B;de Hoon MJ
通讯作者：
de Hoon MJ
DOI：
10.1093/bioinformatics/btab459
发表时间：
2021-11-05
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Hershberg EA;Stevens G;Diesh C;Xie P;De Jesus Martinez T;Buels R;Stein L;Holmes I
通讯作者：
Holmes I
影响因子：
1.7
作者：
Barrios, David;Prieto, Carlos
通讯作者：
Prieto, Carlos
DOI：
10.1093/bioinformatics/btac830
发表时间：
2023-01-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1109/tvcg.2021.3114876
发表时间：
2022-01
影响因子：
5.2
作者：
L'Yi S;Wang Q;Lekschas F;Gehlenborg N
通讯作者：
Gehlenborg N