JBrowseR: an R interface to the JBrowse 2 genome browser.
JBrowseR: an R interface to the JBrowse 2 genome browser.
复制标题
DOI：
10.1093/bioinformatics/btab459
复制
发表时间：
2021-11-05
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Holmes I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hershberg EA;Stevens G;Diesh C;Xie P;De Jesus Martinez T;Buels R;Stein L;Holmes I
基因组浏览器是基因组分析中必不可少的工具。现代基因组浏览器能够实现各种基因组数据模式的复杂和交互式可视化。虽然这些浏览器非常强大，但对于缺乏Web开发专业知识的生物信息学家来说，它们的配置和编程可能具有挑战性。我们已经开发了一个R包，它提供了一个JBrowse 2基因组浏览器的接口。该包可用于完全使用R代码配置和自定义浏览器。浏览器可以从R控制台部署，也可以嵌入到Shiny应用程序或R Markdown文档中。JBrowseR可从CRAN下载，源代码可从Github存储库https://github.com/GMOD/JBrowseR/公开获取。
Genome browsers are an essential tool in genome analysis. Modern genome browsers enable complex and interactive visualization of a wide variety of genomic data modalities. While such browsers are very powerful, they can be challenging to configure and program for bioinformaticians lacking expertise in web development. We have developed an R package that provides an interface to the JBrowse 2 genome browser. The package can be used to configure and customize the browser entirely with R code. The browser can be deployed from the R console, or embedded in Shiny applications or R Markdown documents. JBrowseR is available for download from CRAN, and the source code is openly available from the Github repository at https://github.com/GMOD/JBrowseR/.
登录
查看更多内容
影响因子：
12.3
作者：
Buels R;Yao E;Diesh CM;Hayes RD;Munoz-Torres M;Helt G;Goodstein DM;Elsik CG;Lewis SE;Stein L;Holmes IH
通讯作者：
Holmes IH
影响因子：
5.8
作者：
Lawrence, Michael;Gentleman, Robert;Carey, Vincent
通讯作者：
Carey, Vincent
影响因子：
7
作者：
Birney, E;Andrews, TD;Clamp, M
通讯作者：
Clamp, M
影响因子：
48
作者：
Chelaru, Florin;Smith, Llewellyn;Goldstein, Naomi;Bravol, Hector Corrada
通讯作者：
Bravol, Hector Corrada
影响因子：
7
作者：
Kent, WJ;Sugnet, CW;Haussler, D
通讯作者：
Haussler, D